市民卡的政府應用，如醫保應用，在辦理收卡手續時免費開通。市民卡便民應用遵循市民自願開通、自願繳費的原則，開通費用和規則遵循各應用部門的相關規定。具體方法和收費如下:
“城市通”支付的應用:市民可在市民卡服務大廳(清泰街507號)或公交IC卡銷售處(龍翔橋20號)開卡。根據《杭州市射頻IC公交卡應用及使用說明》規定的城市通卡(公交T卡)，每張卡只需收取25元的壹次性卡維護費，即可享受交通應用的全部功能。掛失後不掛失，卡內金額不轉賬。
原持有A、D類公交卡的市民，開通市民卡“城市通”支付申請後，可選擇保留原卡或自願交回。退卡手續需要到杭州公交IC卡銷售處辦理。退卡時每月收取IC卡維護費0.5元(不足壹個月按壹月計算)，余額退還。卡內余額按照《杭州市公共交通射頻IC卡申請和使用說明》的相關規定予以退還。
公園年卡申請:市民可在公園內IC卡售票點(南山路61號)申請開卡。開園時交10元系統維護費，年票40元(半年20元)。
原持有公園年卡的市民，在充值並繳納當年公園年票年度使用費後，可憑原公園年卡免費將原公園年卡的功能轉移到市民卡的功能上，市民原持有的公園年卡將停止使用。
市民卡入會申請:市民可持卡到我行服務大廳或網點申請入會。2006年和2007年是申請市民卡會員的試用期。加入市民卡會員是免費的，暫時沒有會員費。隨著服務內容的增加，會酌情收取費用。屆時，市民卡公司將以市民卡服務指南、網上公告、服務網點公告、短信、郵件等形式告知會員收費標準。，會員自主決定續約或解約。