合肥市疾病預防控制中心根據衛生部《關於衛生監督體制改革的意見》和安徽省衛生監督和疾病預防體制改革的精神，
2003年3月20日，在原合肥市衛生防疫站的基礎上，經合肥市機構編制委員會批準，政府組建了壹個實施疾病預防控制、公共衛生技術管理和健康監測檢驗技術服務的公益性事業單位。
是集疾病預防控制、健康檢測與評估、健康教育與促進、業務培訓、指導和技術咨詢服務為壹體的新型疾病預防控制機構。
合肥市編委核定中心105個崗位，可在編制外聘用48人。2011合肥市9月行政區劃調整後，從原巢湖市疾控中心調入28人(編制中)。總編制數為133。
截至2012年6月26日，中心現有職工171人(其中在職職工126人，編外職工45人)，各級專業技術人員150人，占職工總數的87.72%。專業技術人員中，高級職稱9人，副高級職稱15人，中級職稱67人，初級職稱41人。博士2人，碩士27人，本科生75人，大專畢業生34人。