呼和浩特市疾病預防控制中心是經呼和浩特市人民政府批準成立的具有法人資格的公益性事業單位，主要負責呼和浩特市傳染病防治的綜合管理工作。兒童免疫預防；消毒、監測病媒和實施控制措施；慢性非傳染性疾病的防治和技術指導；職業危害的監測與評價，職業病的診斷、預防與控制。
放射衛生監測和放射病的預防和控制；營養、食品衛生監測和預防控制食源性疾病；環境衛生監測和公共場所有害因素防治；監測城市和農村地區的飲用水；學校衛生監測和兒童青少年常見病防治；突發公共衛生事件的應急處理；公共衛生和疾病監測與檢查。
對本市服務業從業人員的健康和職業病進行監測；為社會團體提供預防醫學知識的宣傳和咨詢服務，管理和維護疾病監測系統計算機網絡，及時分析監測數據，為政府和衛生行政部門提供決策依據。
中心下設23個部門，其中行政部7個:中心辦公室、黨委辦公室、後勤保障部、財務部、人事部、質量管理部、科教部；疾控科6個:防疫科、免疫規劃科、慢性非傳染性疾病防治科、性病艾滋病防治科、消毒與病媒控制科、預防保健門診。
公共衛生部門6個:營養與食品安全部、公共衛生部、學校衛生部、飲用水衛生部、放射衛生防護部、職業健康評價與中毒控制部；有4個檢驗部門:微生物實驗室，理化實驗室，物理診斷部和健康檢查部。