辦理etc後，系統會自動記錄該車相關的過路費，在該車通過後壹至三天扣除過路費。之後會有短信通知車主此行高速過路費，但也有銀行設置了500元以下的小額消費，沒有短信通知。
etc系統通過安裝在汽車擋風玻璃上的車載電子標簽與各收費站Etc車道內的天線進行通信，通過互聯網計算達到自動扣費的目的。
如果etc系統扣費成功，需要保證Etc電子標簽綁定的卡內余額充足。余額不足的，不影響個人征信。車主可以撥打信用卡的客服中心進行查詢。etc系統壹般采用先記賬，月底統壹扣費的方式扣費，這樣可以省去司機和系統的工作。