為提升旅客飛行體驗，推行無紙化登機，倡導綠色出行，南航在國內航班上實施了100%預選座位服務。購票成功後，旅客可通過南航官方電子渠道預選座位。南航官方電子渠道包括官網和手機app。在通過安檢前，您仍可通過上述官方電子渠道重新選擇座位或取消值機。辦理座位預選時，可以勾選自動值機，南航會在航班起飛前為旅客自動在線值機。對於航班起飛前四小時不主動選座的旅客，南航將自動為旅客預選座位，並辦理網上值機手續。
在支持電子登機牌的機場，旅客可在航班起飛前通過上述南航官方電子渠道獲取電子登機牌，憑電子登機牌直接通過安檢登機，無需排隊打印紙質登機牌。但是對於初次乘坐的乘客來說，使用起來還是有劣勢的。目前，南航在廣州、北京等39個國內機場支持電子登機牌。