(2)人事科。組織制定全市衛生人才發展規劃和措施並組織實施；指導衛生事業單位人事制度改革；負責局機關和事業單位領導班子和幹部隊伍的組織建設；負責市直事業單位高級知識分子管理和衛生系統學科帶頭人選拔培養工作；組織和指導衛生管理幹部的在職培訓；負責市政府直屬醫療衛生單位的人事和機構管理；會同有關部門，負責各類衛生專業技術人員晉升資格的初審；組織全市衛生系統表彰。
(3)計劃及財務審計組。制定全市衛生發展規劃，統籌規劃和協調全市衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制、實施和評估；指導和規範全市衛生系統財務、資產管理和內部審計工作；對醫療衛生服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策、制度標準和定額提出建議；制定藥品、醫療器械和衛生材料采購的相關規範；監督管理市屬衛生單位的國有資產；負責市政府直屬醫療衛生單位的財務、基本建設、大型醫用設備管理和內部審計；指導全市大型醫用設備的報批工作；負責全市衛生統計管理工作；負責財務和國有資產管理；協調國外衛生貸款(贈款)的引進、利用和償還。
(4)疾病預防控制司(地方病辦公室)。制定全市重大疾病防治規劃和對嚴重危害人民健康的公共衛生問題的幹預措施並組織實施；制定傳染病、地方病、職業病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病的防治規劃並組織實施；組織實施國家免疫規劃和政策措施；制定公共營養規劃，管理營養性疾病的防治；完善重大疾病防控體系，預防和控制疾病發生和疫情蔓延。承擔地方病和艾滋病防治的具體工作。
(5)醫療管理。制定、實施並組織實施全市醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理的相關政策、規劃、規範和標準；建立醫療質量管理控制體系和制度；負責采供血和臨床用血的監督管理；承擔全市公民獻血的日常工作。承擔醫療機構醫療服務監管工作，指導醫院藥房管理、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；組織開展醫療質量、安全、服務、監督和評價工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監管體系，承擔公立醫院管理體制改革。組織實施國家藥物政策和基本藥物制度；組織實施國家基本藥物采購、配送和使用的政策措施；負責基本藥物制度的宣傳教育。
(六)食品安全綜合協調和衛生監督部門。承擔食品安全的綜合協調工作；組織調查處理重大食品安全事故；組織食品安全監測、風險評估和預警；承擔重大食品安全信息的發布工作；指導和規範衛生行政執法工作；按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和消毒產品以及飲用水衛生安全產品的監督管理；負責公共場所和飲用水的衛生監督管理；負責傳染病的預防和控制；整頓和規範醫療服務市場；組織查處違法行為；組織查處重大醫療衛生違法行為。承擔規範性文件的合法性審核；主持重大行政處罰和行政許可事項的聽證；承辦行政復議和行政訴訟；組織法制宣傳教育。(7)科技教育科。制定醫療衛生科技發展規劃並組織實施；組織實施醫藥衛生科研重點研究項目，指導醫藥衛生科技成果的推廣應用；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；制定醫學教育發展規劃並組織實施；負責成人醫學教育的管理；承擔繼續醫學教育和畢業後醫學教育的組織工作；組織和指導衛生專業技術崗位培訓。
(8)婦幼保健與社區衛生司。制定全市婦幼衛生、社區衛生和健康教育的規劃和措施並組織實施；指導和組織實施婦幼衛生技術標準；監督管理婦幼保健工作，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾。承擔全市農村基本醫療衛生和新型農村合作醫療的綜合管理工作；指導全市農村衛生服務體系建設和農村合作醫療政策實施及運行監督。
(9)中醫藥管理局(正廳級)。組織實施中醫醫療、保健、康復、護理和臨床用藥的管理規範和技術標準，管理各類中醫和中西醫結合機構，指導其他醫療機構的中醫藥業務。負責中醫、中西醫結合醫療機構的審批和註冊，中醫、中西醫結合醫療機構執業醫師和護士的執業註冊。負責中醫、中西醫結合醫療機構技術準入、中醫醫療事故認定和中醫醫療廣告審核。擬訂中醫藥科技發展規劃並組織實施。組織中醫藥重大科研課題的協作研究和重大科技成果的鑒定推廣；組織中醫藥學術交流和科技合作；會同有關部門，制定並組織實施中醫藥教育和人才隊伍建設規劃。
(十)衛生行政審批部門。受理和審批公共衛生許可證、醫療機構執業許可證、執業醫師、執業護士註冊和外國醫生短期在華執業許可證。依法受理和審查職業病危害嚴重的建設項目防護設施的設計竣工驗收；負責醫療機構和醫療廣告的審核。
(十壹)衛生應急辦公室。制定衛生應急和緊急醫療救援的計劃、制度、方案和措施；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、處置與救援、分析與評估等衛生應急活動；組織協調實施突發公共衛生事件和其他突發事件的預防控制和緊急醫療救援；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援。
離退休幹部工作科。負責機關離退休幹部工作，指導局機關及直屬單位離退休幹部工作。