(壹)根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十八條規定，稅務機關有理由認為從事生產、經營的納稅人有逃避納稅義務行為的，可以責令其在納稅期限前限期繳納應納稅款；發現納稅人在限期內有明顯轉移或者隱匿其應稅商品、貨物和其他財產或者應稅收入跡象的，稅務機關可以責令納稅人提供納稅擔保。即只有當稅務機關有理由認為從事生產經營的納稅人有逃避納稅義務的行為時，才可以使用《限期繳納稅款通知書》責令其在規定的納稅期限之前限期繳納。而且，該票據只能適用於從事生產經營的納稅人，而不能適用於扣繳義務人或不從事生產經營的納稅人。(2)根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條規定，“納稅人未按照規定的期限繳納稅款，扣繳義務人未按照規定的期限繳納稅款的，稅務機關除責令其限期繳納稅款外， 從繳納稅款之日起按日加收滯納稅款0.5%的滯納金”，第四十條規定“從事生產經營的納稅人、扣繳義務人未按照規定期限繳納稅款或者經稅務機關責令限期繳納，逾期不繳納的，稅務機關采取強制措施時， 前款所列納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人未繳納的滯納金，同時強制執行。” 從上述兩項規定可以看出，稅務機關對所有未按規定期限繳納所保稅款的納稅人、扣繳義務人和納稅擔保人，均適用《繳款通知書》。第二，兩者的待遇程度不同。《限期繳納稅款通知書》只要求納稅人在規定的期限內繳納稅款，而《催繳稅款通知書》要求納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人不僅要在規定的期限內繳納稅款，還要繳納滯納金。
3.新征管法第三十七條“從事生產經營的納稅人和臨時從事經營的納稅人未按照規定辦理稅務登記的，由稅務機關核定並責令繳納”的其他規定，以及第六十八條的規定， “納稅人、扣繳義務人未按照規定繳納或者少繳應納稅款或者應付稅款的，由稅務機關責令限期繳納，逾期仍未繳納的”，涉及的各種納稅憑證，如《應納稅款核定通知書》，包括已按日申報未繳稅款的納稅繳款書或者稽查局已送達的稅務處理決定書等。 因為這些稅務文書對納稅人、扣繳義務人、納稅擔保人應繳納的稅款限定了最後的繳納期限(相當於“責令限期繳納”的程序已經履行完畢，不需要使用《限期繳納稅款通知書》)，所以逾期繳納必須用《催稅通知書》。總之，除了新稅收征管法第三十八條規定的情形適用《限期繳納稅款通知書》外，其他涉及的補稅都是采用《催繳稅款通知書》責令限期繳納。