為了加強長江口中華鱘自然保護區的管理，保護中華鱘賴以生存的自然生態環境和自然資源，根據有關法律和《中華人民共和國自然保護區條例》，制定本辦法。第2條(保護區的性質和範圍)
長江口中華鱘自然保護區(以下簡稱保護區)位於崇明島東灘，是市政府劃定的以中華鱘及其自然生態環境為主要保護對象的特殊區域。
保護區北起巴瑤港，南至賈茜港，被崇明島東灘已填海的外圍大堤和吳淞高程負5米的等深線所包圍。第三條(管理機構)
上海市農業委員會(以下簡稱市農委)會同崇明縣政府負責保護區的規劃、建設及相關管理活動。市農業委員會下設的上海長江口中華鱘自然保護區管理處(以下簡稱保護區管理處)負責保護區的日常管理工作。
上海市環境保護局(以下簡稱市環保局)負責指導和監督保護區的環境保護工作。
本市海洋、水務、交通、公安、海事等有關部門應當按照各自的職責，協同做好保護區管理工作。第四條(保護區範圍及其程序的調整)
保護區的範圍可以根據中華鱘的灘塗淤積、分布和活動的變化進行調整。
保護區範圍的調整，由市農業委員會會同崇明縣政府及相關行政管理部門提出。經自然保護區評審委員會評審後，由市環保局進行綜合平衡，提出審核建議，報市政府批準公布。第5條(界標的設定)
保護區管理辦公室應當按照市政府批準並公布的保護區範圍，在保護區邊界的顯著位置設立區域界標。第六條(禁區管理期)
每年5月1日至9月30日中華鱘幼魚集中活動期間，保護區將實行禁漁管理。封禁期間，禁止從事漁業等生產經營活動。第七條(非封閉區管理期)
在非禁漁區管理期間，進入保護區從事漁業生產活動的漁民應當依法申請捕撈許可證。第8條(禁止的行為)
任何單位和個人不得在保護區內從事下列活動:
(壹)毀壞、損壞或者擅自移動保護區的界樁和保護設施的；
(二)排放、傾倒或者處置汙染物；
(三)以投毒、爆炸、電捕等方式采集水生動植物的；
(4)架設、爆破和鉆孔；
(五)挖沙、燒荒和圍墾；
(六)影響中華鱘生存環境的其他活動。第九條(科研活動的申請和批準)
因教學實驗、標本采集等需要進入保護區從事相關科學研究活動的，應當向保護區管理處提出書面申請；進入保護區從事科學研究、教學實驗和標本采集活動的境外組織或者個人，應當向市農業委員會提出書面申請。
書面申請應包括以下內容:
申請人的基本情況；
(二)進入保護區的具體項目和主要目的；
(三)預定活動的時間、內容、規模、人數、範圍和使用的相關設備。
市農委或保護區管理處應當自受理申請之日起20個工作日內作出審批決定。經審批同意的發給《保護區通行證》；不同意的，應當書面說明理由。
進入保護區進行科學研究等活動，需要捕撈中華鱘或者采集中華鱘魚類標本的，經受理申請的部門審核，並向國務院漁業行政主管部門申請特許捕撈證後，方可從事相關活動。第十條(入境人員總量控制)
保護區管理處應當會同崇明縣政府和漁政等有關行政管理部門，制定在禁漁區和非禁漁區管理期間進入保護區從事科學研究等活動的人員總量控制計劃。第十壹條(緊急情況下的進入)
因防汛救災、惡劣天氣影響等突發事件進入保護區的。應當遵守保護區的規定，並通知保護區管理處；相關情況消除後，應當立即退出保護區。第十二條(應急處理)
發生事故或者其他突發事件，對保護區造成或者可能造成汙染或者其他損害的，有關單位或者個人應當立即采取措施，及時向保護區管理處和當地環境保護部門報告，並接受調查處理。第十三條(外圍操作控制)
在保護區周圍進行重大建設項目的，運營單位應當事先與保護區管理處協商，經專家論證可能對保護區自然資源和生態環境造成影響的，運營單位應當采取有效的治理措施。第十四條(意外捕獲和釋放)
漁民在捕撈作業中誤捕中華鱘等珍貴、瀕危水生野生動物的，應當立即無條件放生。第十五條(應急處置)
任何單位和個人發現中華鱘等珍貴、瀕危水生野生動物因誤入港口或者江河支流而受傷、擱淺、被困的，應當采取緊急救助措施，並及時向保護區管理處報告；發現中華鱘等珍貴、瀕危水生野生動物死亡的，應當移交保護區管理處妥善處理。
因保護、搶救中華鱘等珍貴、瀕危水生野生動物造成財產損失的，可以向保護區管理辦公室申請補償；經調查屬實的，保護區管理處應當按照有關規定和標準給予適當補償。