R&D計劃重點資金來源多元化，資金來源分為中央財政資金和其他資金來源，包括地方財政資金、單位自籌資金和其他渠道獲得的資金。中央財政資金支持方式包括前補助和後補助，具體支持方式應在編制重點專項實施方案和年度項目申報指南時予以明確。
本辦法主要規範中央財政安排的以前補助方式支持的R&D計劃重點資金，後補助方式支持的資金按照中央財政科技計劃後補助的有關規定執行。地方財政資金、單位自籌資金和其他渠道獲得的資金，應當按照國家有關財務會計制度和相關資金提供者的具體使用管理要求統籌安排使用。
在前期補助支持的R&D重點項目中，采用“揭牌”、“賽馬”等新型組織機制的項目，可根據項目特點，采取合同管理等資金管理方式。
法律依據
國家重點R&D計劃資金管理辦法
第七條_重點專項預算是指對專項實施周期內實施專項任務所需總費用的預先估算，是重點專項預算安排的重要依據。重點專項概算包括壹般概算和年度概算。
第八條_專業機構根據重點項目的目標和任務，根據專項項目的實施方案和相關要求，向財政部和科技部申報。
第九條_重點專項概算應同時編制收入概算和支出概算，確保收支平衡。
重點專項收入概算包括中央財政預算概算和其他資金來源概算。
重點專項支出預算包括總支出預算和年度支出預算。專業機構應當在對重點專項任務進行充分論證和科學合理分解的基礎上，按照任務相關性、分配適當性和經濟合理性原則，根據任務等級和不同研發階段編制支出預算。
第十條_財政部、科技部委托相關機構對重點專項概算進行評估。根據評價結果，結合財力可能，財政部批復同意重點專項中央財政資金壹般概算和年度概算。
第十壹_條中央財政資金總預算壹般不作調整。重點專項任務目標發生重大變化，需要調整中央財政資金總概算的。專業機構履行相關任務調整審批程序後，提出調整申請，經科技部審核後，按程序報財政部審批。預算總額不變，因重點特殊年份重大任務調整需要調整年度預算的。由專業機構提出申請，經科技部審核後，按程序報財政部審批。