員工通過電子郵件、微信、短信提出辭職是書面形式，可以認定員工有辭職意向。因此，員工通過電子郵件、微信、短信的方式提出辭職，都是書面形式且有效的。
辦理辭職手續的註意事項:
1.寫壹封辭職信，包括以下內容:離職原因、離職期限、工作交接、禮貌表達對公司的感謝；
2.與主管詳細討論是否可以批準和支持辭職請求；
3.交接:與主管協商好具體的辭職意向並取得同意後，就要開始交接了；
4、人事手續，由原單位開退費，並檔案轉出。勞動者在辦理離職交接手續時，應當要求用人單位出具解除或者終止勞動合同的證明，並將個人檔案和社保關系轉移到新的用人單位。用人單位需要支付經濟補償的，勞動者可以在辦理交接時要求用人單位支付補償。
綜上，建議可以采取書面辭職和微信解釋兩種方式，保全證據，確認本人的告知義務。
法律依據
《勞動合同法》第三十七條
勞動者提前30日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。