該中心主要開展疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處理、環境與職業衛生、營養衛生、老齡衛生、婦幼衛生、放射衛生、學校衛生等工作；組織制定國家公共衛生技術方案和指南，承擔公共衛生相關衛生標準的綜合管理工作。
開展傳染病、慢性病、職業病、地方病、突發公共衛生事件和疑似預防接種異常反應的監測和評估；參與國家公共衛生應急準備和響應，組織制定食品安全事故流行病學調查和衛生處理的相關技術規範。
呼和浩特市疾病預防控制中心
中心下設23個部門，其中行政部7個:中心辦公室、黨委辦公室、後勤保障部、財務部、人事部、質量管理部、科教部；疾控科6個:防疫科、免疫規劃科、慢性非傳染性疾病防治科、性病艾滋病防治科、消毒與病媒控制科、預防保健門診。
公共衛生部門6個:營養與食品安全部、公共衛生部、學校衛生部、飲用水衛生部、放射衛生防護部、職業健康評價與中毒控制部；有4個檢驗部門:微生物實驗室，理化實驗室，物理診斷部和健康檢查部。