專利侵權糾紛屬於民事糾紛，由當事人自行協商解決，有利於平息糾紛，化解矛盾。修改後的專利法第57條首次倡導這種解決方案。但專利侵權糾紛的協商解決方式不是請求處理或起訴，壹般有協商、行政處理、司法解決和訴前臨時措施等前置條件。如果當事人不願意協商，可以通過行政或司法程序直接處理侵權糾紛。
2.行政處理
專利工作主管部門處理專利侵權糾紛是實現專利保護的重要途徑。根據《專利法》第五十七條規定，專利管理機關在處理侵權糾紛時，有權認定侵權行為是否成立；認定侵權行為成立的，有權責令侵權人立即停止侵權行為。
當事人對專利管理機關的處理決定不服的，可以自收到處理通知之日起05日內向法院提起行政訴訟。侵權人逾期不起訴又不停止侵權行為的，專利管理機關可以申請人民法院強制執行。
專利管理機關也可以對專利侵權的賠償問題進行調解。但損害賠償是典型的民事救濟方式，專利管理機關只能應當事人的請求進行調解，而不能做出決定。調解不成的，當事人可以向人民法院提起專利侵權民事訴訟。
3.司法解決
所謂專利糾紛的司法解決，是指為了有效懲罰侵犯專利權的行為，給予權利人適當的救濟，維護市場秩序，司法機關給予專利權人必要的司法救濟。專利權受到非法侵犯時，專利權人可以直接向人民法院提起訴訟。
根據最高人民法院的規定，專利侵權糾紛的第壹審人民法院是各省、自治區、直轄市人民政府所在地的中級人民法院，各經濟特區的中級人民法院和各地高級人民法院指定並經最高人民法院批準的較大城市的中級人民法院。基層人民法院和其他中級人民法院不能作為壹審法院審理專利侵權糾紛案件。
4.訴訟前的臨時措施
訴前臨時措施是指在訴訟開始前，為制止正在實施或者即將實施的侵權行為而采取的措施。我國修改後的《專利法》第61條規定:“專利權人或者利害關系人有證據證明他人正在實施或者將要實施侵犯其專利權的行為，如不及時處理將使其合法權益受到難以彌補的損害的，可以在起訴前向人民法院申請采取責令停止有關行為和財產保全的措施。人民法院處理前款申請，適用《中華人民共和國民事訴訟法》第九十三條至第九十六條、第九十九條的規定。”