員工通過電子郵件、微信、短信提出辭職是書面形式，可以認定員工有辭職意向。因此，員工通過電子郵件、微信、短信的方式提出辭職，都是書面形式且有效的。
法律依據
《勞動合同法》第三十七條
勞動者提前30日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。