《紅與黑的碰撞》
在Vermouth對決中，柯南聽到了Vermouth給組織頭目發郵件的前四位按鍵音，後來得知組織頭目的郵件地址前四位是鳥取縣的區號：0858，並且按鍵音的旋律取自兒歌《七個孩子》。柯南發現電視臺女主播水無憐奈（代號Kir）是黑衣組織成員，並且有壹個弟弟。水無憐奈在行動中受傷昏迷，被FBI送入杯戶中央醫院控制了起來。Vermouth通過事後調查得知了水無昏迷住院的消息。同時，壹位和水無長得很像的男生本堂瑛祐調入蘭的中學，壹些行為與水無憐奈相似，引起柯南註意。在《紅與黑的對撞》中，水無憐奈和本堂瑛祐的身份揭曉。本堂瑛祐的父親是CIA在組織中的臥底，四年前被組織殺害。水無憐奈（原名本堂瑛海）是本堂瑛祐的姐姐，和父親壹樣是CIA在組織中的臥底。（水無憐奈=本堂瑛海=Kir）
柯南在杯戶中央醫院（水無住院的醫院）發現了假裝患者住院的黑衣組織成員楠田陸道。不幸因FBI打草驚蛇，楠田陸道自殺身亡，屍體下落不明。Gin等人也因此推測出了水無住院的地點。
在水無憐奈的住院地點暴露給組織之後，柯南、赤井和已經醒來的水無進行合作，讓FBI探員安德烈·卡邁爾開車運送水無出醫院，水無假裝襲擊卡邁爾，回到組織，以進壹步取得組織信任。
另外，我們也得知赤井秀壹過去是宮野明美（Sherry的姐姐）的男友，潛入組織後表現出色，可惜因為FBI探員卡邁爾的失誤，導致赤井秀壹身份暴露，宮野明美被組織殺害。
水無回到組織後，組織頭目命令她殺害赤井秀壹。水無成功槍殺了赤井，並引爆其屍體，留下的右手指紋被證實是赤井秀壹的指紋（通過對比柯南手機上留下的指紋）。
對決之後，本堂瑛祐拒絕了FBI的證人保護計劃，推理出了柯南的真實身份，並且打算加入CIA與組織鬥爭。同時，柯南仿佛對赤井秀壹“殉職”的消息並不感到驚慌。
紅與黑系列主要信息：
1.水無憐奈真名本堂瑛海 與本堂瑛佑是姐弟 是CIA在黑衣組織的臥底
2.赤井秀壹疑似犧牲。509 紅白黃色與偵探團中出現新人物沖矢昴 令灰原有壓迫感 在之後的種種線索中基本可以確定沖矢昴是赤井秀壹要不是他 我節操掉壹地！
3.貝爾摩德稱柯南和赤井秀壹是兩枚能殺死組織的銀色子彈 赤井殉職後 她說：“銀色子彈，壹發就夠了”
4.509集中水無說組織派出了“據說是個搜集情報能力，以及觀察力和洞察力都壹流的人物”代號波本 為之後安室透出場做好伏筆
5.在工藤新壹紐約事件中與毛利蘭相遇 稱蘭哭的樣子與“她”很像 （宮野明美）
然後是快車系列
柯南和少年偵探隊、還有小蘭等人壹道參加了鈴木特快號活動。
在車裏，還出現了暗中接近灰原的黑影。隨後，車上舉行的推理題環節。轉眼間，少年偵探隊在7號車廂裏目擊了室橋先生被壹個蒙面人槍殺而倒在椅子上，剛開始大家都壹致認為那是推理活動題都沒怎麽在意。後來，從這輛特快列車的服務員裏得知推理活動題還沒開始。柯南便認為剛才目擊的那壹切是真正的密室殺人案，大家就馬上趕回到剛才那個車廂前，但是沒有想到在剛才車廂裏的是小蘭等人，據小蘭等人說這個是8號車廂，可是，少年偵探隊們認為這就是7號車廂。7號車廂消失不見了，這到底是怎麽壹回事？
不久，柯南識破了蘭等人玩的推理遊戲，找到了7號車廂裏那個被槍擊而死的室橋先生。隨後，少年偵探隊和小蘭在走廊裏遇到安室透，忽然壹位傷疤赤井從灰原旁邊與她擦身而過。柯南、小五郎等人認為匯集在8號所以車廂裏的乘客都有殺人嫌疑。然後，他們就詢問了服務員和8號車廂所有乘客他們的不在場證明。據服務員所說他自己在案發當時正在和安東先生、出波女士等幾位乘客正在交談，但是他卻沒有看見任何人從死者的車廂裏出來。
而此時，黑衣組織的身影正在壹步步的向灰原逼近。柯南等人據服務員說5年前，這趟列車在資產家人的生日宴會裏還發生過壹次大火災，燒死了不少人。
就在這時候，灰原收到貝爾摩得發來的：“準備受死了嗎？”的短信。灰原害怕極了，離開8號車廂，來到外面走道的壹個角落裏，突然，沖矢昴從對面的車廂裏走了出來，讓灰原到他的領地去。然而，灰原害怕地逃走了……柯南、小五郎、世良等人詢問了乘客們的不在場證明後，就讓8號車廂的所有乘客在走道上跑壹下，然後用這個方法來尋找兇手。他們在門縫裏詢問出波女士的不在場證明時，柯南突然發現從這個門縫外看裏面和之前在死者車廂的門縫外看東西有很多相同的地方，就覺得很可疑。
之後，柯南看到列車的車窗就仿佛知道了壹切真相。另壹方面，在走道裏，傷疤赤井與有希子擦身而過，之後，世良就來到了傷疤赤井的面前，叫他幾聲“秀哥”，然後對他說了壹句：“怎麽會，秀哥明明死了？
不料，傷疤赤井就馬上用電擊棒把她給電暈了。就在這時候，柯南開始進行推理秀，指出了安東先生就是兇手，就在另個地方，有希子正在誘惑傷疤赤井，而這個傷疤赤井原來就是貝爾摩德所喬裝的.，另壹方面，沖矢昴將世良放在壹個車廂的沙發上，世良嘴裏還叫了幾聲：“秀哥。”沖矢昴看後臉上便露出了微笑。柯南成功破案後，黑衣組織的人立刻放出煙霧來，想要引誘雪莉出來，並把她給殺掉。
壹團團的煙霧四處飄遊著，大家都以為是發生了火災，立刻全都迅速的跑去前面的車廂裏避難。接著，雪莉跑到死者室橋先生車廂外面的走道後，而這時，安室透也出現在她的面前並對她說出了自己的代號：波本（Bourbon）。
另壹方面，柯南給有希子打來了電話，詢問灰原的去處，並讓她好好執行作戰計劃，但是接電話的竟然是貝爾摩德。接著，貝爾摩德接到了同伴在八號車廂前發現雪莉的消息。此時，波本也對灰原說自己曾經見過她的家人，在組織裏，他和諸星大是競爭對手，相看兩厭，他也不相信秀壹已經被黑衣組織的人給幹掉，相信只有自己才能幹掉他。之前，他也假扮成秀壹在他的相關人員面前徘徊，試探秀壹是不是真的已經死了。
他也確定秀壹的確是死掉了。接著，波本舉著槍威脅雪莉，最後再放出炸彈來準備迷昏雪莉，將她活捉。不壹會兒，灰原就逃進了車廂裏，把門給關上。
就在這時候，無傷疤的秀壹從後面的車廂裏走了出來，放出了壹個手榴彈。接著，秀壹逃走後，波本所在的這個車廂，立刻爆炸，接著，列車斷為兩段。剛開始，貝爾摩德和波本以為雪莉是被炸彈給炸死了。忽然，貝爾摩德看見雪莉由阿笠博士背著和柯南他們壹起從列車裏走了出來，便產生了懷疑。後來，貝爾摩德知道剛才那個雪莉是怪盜基德假扮的。出了列車後，小蘭還將在列車的走廊裏撿到了世良的帽子，然後交給她。這次多虧了有希子、基德、無傷疤秀壹等人才成功的保護了灰原。波本看見了無傷疤的秀壹，決定重新調查赤井死亡前後的詳細資料。最終在列車前，沖矢昴睜眼露出和秀壹相同的眼神。
再來是緋色篇
柯南史上最大的謎?
Bourbon和Vermouth通過調查得知了楠田陸道自殺的消息。Bourbon進而推理出沖矢昴就是赤井秀壹，赤井的身死之謎也隨之揭曉
之前柯南不僅想出了讓水無憐奈重新潛入組織的計劃，還預測到水無憐奈返回組織後會被命令槍殺赤井秀壹。於是，柯南和秀壹提前做好準備，讓楠田陸道在柯南的手機上留下指紋，秀壹假裝被槍殺，火燒楠田陸道的屍體，制造秀壹已死的假象。
緊接著，秀壹利用阿笠博士的變聲器和工藤有希子的易容術假扮成沖矢昴，住進新壹家裏，暗中保護住在隔壁博士家的灰原哀。
安室透（Bourbon，原名降谷零）其實是日本公安警察在組織中的臥底。Scotch（蘇格蘭威士忌）也是日本公安在組織中的臥底，但因不明原因殉職，仿佛與赤井有關。安室透因此痛恨赤井。然而安室透並沒有把赤井還活著的消息告訴Vermouth或上報組織，Vermouth也似乎並沒有察覺到安室透的臥底身份。
同時，劇情再次證實了Vermouth與組織的Boss有某種特殊關系，並且Bourbon是組織中少有的幾個知情人。
秀壹繼續以沖矢昴的身份居住在新壹家，並收到了水無憐奈的新情報——組織頭目的親信Rum（朗姆）已經出動，地位在Gin之上，是壹個重要人物。