內蒙古民航機場集團公司於2003年12月19日正式成立,前身為中國民用航空內蒙古自治區管理局。集團公司是首都機場集團公司的成員企業,是以法人治理結構為核心的國有獨資有限責任公司。
截至2022年1月底，內蒙古機場集團經營管理自治區內已運營的機場20個（不含滿洲裏、鄂爾多斯機場），形成了涵蓋幹線、支線、通勤、通用機場在內的多層級機場管理體系。內蒙古機場集團所轄各類機場中：幹線機場1個，為呼和浩特機場；支線機場13個，分別為呼倫貝爾、紮蘭屯、烏蘭浩特、阿爾山、通遼、霍林河、赤峰、錫林浩特、二連浩特、烏蘭察布、包頭、巴彥淖爾和烏海機場；通勤機場3個，分別為阿拉善盟的阿拉善左旗、阿拉善右旗和額濟納旗機場；通用機場5個，分別為烏拉特中旗、新巴爾虎右旗、鑲黃旗、突泉縣、紮賚特旗機場。根據內蒙古地區通用機場建設規劃，2024年前內蒙古地區將有23個通用機場建成並投入運營，集團公司負責內蒙古地區通用機場建設及運營管理工作。