辦理了etc之後，系統會自動記錄汽車相關的通行費用，在汽車通行之後壹到三天扣費，之後會有短信通知車主該趟旅程花費的高速過路費，但有些銀行設置了500元以下的小額消費不采取短信通知。
Etc系統通過汽車擋風玻璃上安裝的車載電子標簽與各個收費站的etc車道上的天線進行微波通訊，經過互聯網計算達到自動扣除費用的目的。Etc系統扣費成功要確保etc電子標簽綁定的卡余額足夠，如果余額不足，會對個人的征信不會有影響，車主可以致電信用卡的客服中心進行查詢，壹般etc扣費是采用先記賬，月底結賬日統壹扣費的方式，可以節約駕駛員和系統的工作。