嘉興市國家稅務局於1994年9月成立，1997年10月國地稅機構進壹步分設後獨立運轉。目前，市局內設辦公室、人事教育處（離退休幹部處）、監察室、政策法規處、貨物和勞務稅處、所得稅處、納稅服務處（辦稅服務廳）、征收管理處、收入核算處、財務管理處、進出口稅收管理處、大企業和國際稅務管理處12個行政處室和機關黨委辦公室（思想政治工作辦公室），下設稽查局1個直屬機構，經濟開發區分局、嘉興港區分局2個派出機構，以及機關服務中心、信息中心2個事業機構；下轄嘉善縣國家稅務局、平湖市國家稅務局、海鹽縣國家稅務局、海寧市國家稅務局、桐鄉市國家稅務局、南湖區國家稅務局（車輛購置稅征收管理分局）、秀洲區國家稅務局7個縣（市、區）局。現有在編人員1364人，其中大專以上學歷1263人，占92.6%；在職黨員742人，占54.4%。
截至2011年底，我市***管轄納稅人17.1萬戶，其中壹般納稅人4.14萬戶。2011年，全市***完成國稅收入258.37億元，同比增長16.06%，收入總量居浙江省第四位；所轄五縣市稅收收入全部突破30億元，其中海寧市突破了40億元，是浙江省唯壹壹個所轄各縣（市）收入規模均超過30億元的地市。