黑衣組織殺手貝爾摩德殺害了壹直在調查組織的FBI探員茱蒂·斯泰琳的父親，並放火燒了茱蒂的家，年幼的茱蒂幸免於難，並被她父親的同事以“證人保護計劃”保護起來。貝爾摩德對小茱蒂說的"A secret makes a woman woman”令她印象深刻。
女明星莎朗·溫亞德（即貝爾摩德）和工藤有希子壹起向魔術師黑羽盜壹學習易容術並成為好友。
307-308 龍舌蘭找到板倉卓，命令他開發壹種系統軟件，但遭到拒絕。黑衣組織之後不斷騷擾板倉卓，最終迫使他就犯。
286-288
工藤新壹和毛利蘭到紐約遊玩，有希子招待他們，在劇院門口兩人遇見並認識了莎朗·溫亞德，但是在歌劇開演前莎朗借口有事先行離開。後來蘭在路上先是遇見了正在追捕銀發殺人魔的赤井秀壹，後又在廢倉庫遇見正在逃亡中的受傷的銀發殺人魔。銀發殺人魔在想將兩人滅口時因欄桿斷裂而從高處掉落，被蘭和新壹所救，事後銀發殺人魔被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去。 （被蘭所救的銀發殺人魔為貝爾摩德假扮，自殺的銀發殺人魔為貝爾摩德所殺）
- 莎朗假造了自己的死亡，以女兒克裏絲的假身份繼續生活下去。
1、2、4
新壹在與青梅竹馬的蘭去遊樂場玩時無意間目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒發現，強行灌藥變小，後將此事告知阿笠博士，並決定隱藏身份，並化名江戶川柯南，轉入帝丹小學，成為少年偵探團壹員。
5
52
漫畫中柯南得知了琴酒和伏特加的代號（動畫中為霧天狗殺人事件片頭）。
13
漫畫中宮野明美被琴酒殺害，但動畫版改成了被警察逮捕。
43
工藤夫婦得知柯南身份。
48-49
服部平次登場，柯南喝下白幹暫時恢復。
54
柯南偶遇黑衣組織的成員龍舌蘭，但其被炸死。
57-58
服部平次知道柯南身份，並開始合作。
128-131
宮野誌保的姐姐宮野明美被琴酒殺害，宮野誌保也變小並逃離組織寄住阿笠博士家，化名灰原哀，說出藥名是APTX4869，轉入帝丹小學，之後灰原哀還透露組織半個世紀前已經策劃某個大計劃。
176-178
柯南和灰原偶然發現了琴酒的保時捷，意欲跟蹤時被琴酒發現了跟蹤器。但柯南依然得知組織成員皮斯克（Pisco）將在杯戶飯店進行暗殺。柯南和灰原趕到杯戶飯店，琴酒卻早已將雪莉在跟蹤自己的事通知了皮斯克，並告訴他雪莉必然也會去杯戶飯店。皮斯克暗殺成功後發現灰原，將她迷昏後藏在飯店酒窖裏。柯南與灰原取得聯系後讓她喝下白幹。灰原恢復身體，從煙囪逃至飯店頂樓。不料琴酒和伏特加早已在頂樓，在琴酒的拷問下灰原拒不說出離開組織後的行動，身中數槍。柯南趕到後用麻醉槍擊中琴酒，同時灰原由煙囪逃回酒窖。此時白幹效力已過，灰原身體變回。皮斯克露出真面目，在準備處決灰原時，柯南再次趕到解救了灰原，而皮斯克則因暗殺中出現了重大失誤被琴酒滅口。（當時貝爾摩德也在現場，事後息影並在日本定居下來。由於哀感覺當時有其他組織的成員在場，事後柯南開始懷疑她也是組織的壹員。）
170-171
新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協助下破案。
- 長大的茱蒂加入了FBI，追查貝爾摩德來到日本，以帝丹高中英語老師的身份潛伏下來。
-
貝爾摩德制造車禍企圖害死新出智明壹家，但新出被FBI暗中保護下來。貝爾摩德開始假冒新出的身份。
226-227
茱蒂首次登場並與柯南相識，並看見他借助園子破案。
230-231
少年偵探團和博士壹行在公車上遇到壹起去美術館的茱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕，後來公車被強盜劫持，雖然最後在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想壹死了之，最後被柯南所救。赤井秀壹打電話表示正在監視某人。
253-254
新出醫生（貝爾摩德假扮）可能發現了柯南分析案情並利用變聲器。
258-259
柯南等人認識了來自芝加哥的老人詹姆斯·布萊克，後來他被誤認為是某名人而遭綁架，後在柯南的協助下被救，並被赤井接走，同時詹姆斯也發現柯南的不壹般，稱呼柯南為福爾摩斯、Cool Guy。
269-270
高木提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，後又被送回。赤井監視毛利偵探事務所。
271-272
茱蒂在談話中提到了FBI；貝爾摩德發郵件給琴酒，提到了雪莉酒，並且向打了叉的宮野誌保的照片發飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片。
277-278
案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克裏絲是組織的成員，並進壹步懷疑茱蒂=克裏斯，剛巧趕來的服部對此很感興趣，於是鼓動柯南去茱蒂的公寓試探，在雙方接觸過程中發生命案，案子雖然解決，但是對茱蒂的試探未果。最後茱蒂浴室的鏡子後面出現柯南和蘭的照片，並且照片上的字跡和貝爾摩德的壹模壹樣。後續劇情表明，這是茱蒂曾潛入新出（即貝爾摩德）的房間，發現相關的照片後復制的，同時茱蒂也借此知道了貝爾摩德的目標是哀，另外柯南最後說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出。
284-288
毛利蘭回憶起她和新壹去紐約玩發生的事。
289-290
灰原哀提到沼淵己壹郎是組織成員壹事。
307-311
小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的對象。最後通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記（案子的最後柯南和蘭遇到了赤井秀壹，提到了宮野明美，另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇），了解到了黑衣組織的行蹤，並試圖冒充板倉與伏特加接頭，但是被琴酒識破而失敗，險些被琴酒抓到（最後柯南和哀離開時，“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺；板倉的日記中提到黑衣組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途，要使時光倒流）。
329-330
阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是壹個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是壹個英國留學生，並且黑衣組織可能正在從事讓死人復活的計劃。
335-336
柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最後被迫放棄 （最後赤井秀壹的出場，表明跟蹤他們的人是FBI，由於哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩德的目標。另外最後赤井對著哀的照片說了壹句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常聯系，也不是經常互通信息）。
338-339
340-341
哀得了感冒發燒，博士和柯南送他去醫院，但在停車場遇到命案而被阻，後來又遇到購物中的蘭、園子和茱蒂，發現他們行蹤的赤井秀壹也跟蹤而至，最後柯南解決了案件，但是博士卻借茱蒂的車將哀送回了家，並找來新出醫生給哀看病。故事的最後出現了貝爾摩德將哀的照片燒毀，並說“準備好了嗎？我發現了，我去找妳了”的畫面 ，貝爾摩德和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩德還在博士家安了竊聽器。博士家被竊聽後，博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友，設計師出島壯平，試圖了解更多關於哀的父親的事。設計所又發生命案，柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶，提到了某件驚人的事情，之後貝爾摩德打電話找組織成員卡爾瓦多斯來幫忙，正策劃著某項行動。
343-344
茱蒂辭去了帝丹高中老師的職務。蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發現了鏡子背後的照片。
345
貝爾摩德利用幽靈船活動，邀請了小五郎、新壹和琴酒，試圖調開柯南而刺殺哀；茱蒂了解到了這個計劃，搶先壹步接走哀並試圖將貝爾摩德引入陷阱，但貝爾摩德將計就計作了安排；另壹方面，柯南邀請服部平次化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸；哀不放心柯南去，跟蹤前往；蘭因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽車的後備箱裏並在最後關頭救了哀。貝爾摩德不讓向蘭開槍並叫她angel，逃脫了赤井的追捕，並且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事，而茱蒂設法瞞過了蘭，同時柯南聽到了貝爾摩德給那位先生發郵件時的按鍵音。
346-347 灰原哀拒絕證人保護計劃。
361-362
真正的新出醫生回歸。
374-375
385-387
394-396
山村操給他奶奶發信息，開頭按鍵音和Boss的郵件地址很像，是鳥取縣，後來柯南等人去壹鋼琴世家後，知道了那天聽到的按鍵聲就是七個孩子的曲子，最後還得知Boss的手機號。
425
柯南發現水無憐奈為組織成員，並與FBI阻止了組織的暗殺計劃。行動中水無受傷，昏迷不醒。
429
本堂瑛祐登場。
462-465
貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南註意；小蘭的新同班同學本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，並希望柯南等人前去調查，引起了柯南的警覺。目擊水無憐奈出事的小孩被貝爾摩德詢問，並出現了貝爾摩德的口頭禪。黑衣組織的人加緊搜尋水無憐奈的行動，琴酒初次提到了臥底於組織的人物（即後來的本堂姐弟二人的父親伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀進行調查，得到壹張本堂瑛祐父親的照片，本堂瑛祐及水無憐奈的身份越來越清晰了。
491-504
本堂瑛祐總給柯南不好的感覺，他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海與水無憐奈長相壹摸壹樣，但是血型不對。與此同時，黑衣組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛祐襲擊後不得不說出真實身份，原來水無憐奈為CIA的臥底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父親也是CIA的臥底，四年身亡。水無憐奈答應赤井秀壹重新返回組織，但是接到任務，並疑似殺死赤井秀壹。
507-508
本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀壹已死的舉動奇怪。
509
水無憐奈急報，組織派出了厲害的偵探波本。
工藤新壹的房子裏搬來名為沖矢昴的新房客。灰原哀對其產生反應。
511
柯南發現沖矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。
521-523
工藤新壹第三次恢復。
563-564
疑似赤井秀壹的傷疤男出現，開槍救了柯南。FBI提及赤井秀壹很喜歡喝波本酒。
578-581
傷疤秀壹再次出現，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這裏很危險，快逃”的字條，此時沖矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，但傷疤男未發現他。傷疤男將在商場發生的案件的推理用別人的手機發給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲檢驗赤井秀壹是否生還，並以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。
616-621
工藤新壹來到倫敦，並第四次恢復身體，並且第壹次向毛利蘭正面表白；同時工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發者。
646-651
自稱偵探的世良真純登場，並轉入帝丹高中；之後在柯南平次偵探對決中，茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片後表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則壹眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第壹眼看到博士上傳的視頻時就發現了博士眼鏡片中印出來的灰原哀的影子，並向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即沖矢昴）的情況，可見她對灰原有很大興趣。並對著沖矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現在看起來真是杞人憂天了啊……”最後世良將視頻中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。
667-668
自稱偵探的安室透登場，事件解決後自願成為小五郎的弟子。
671-674
沖矢昴脫口而出的壹句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。
貝爾摩得給波本打了電話，同壹時間沖矢、世良和安室正在接聽電話，波本似乎就是這三人其中之壹。
675-676
世良似乎對新壹早就有了解的樣子，並對灰原也表現出興趣。世良表示自己認識壹個“從來不笑的人”，在註意到傷疤秀壹的存在後對其相當關註。
灰原回想起沖矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀壹）的用語十分相似。
681-683 安室透為高木的指導警官伊達航掃墓，暗示兩人曾是朋友。
684-685 灰原的舉動和二人對話表明，沖矢的頸部隱藏著某個秘密。
690-691
沖矢昴舉止可疑，雖然證實脖子上無異樣，但卻沒有說話，並眾人離開後左手拿出之前藏起的梳子。世良在房間中發現了女性線索，沖矢因此被懷疑真實身份，後根據柯南的敘述得知“女性線索”很可能為工藤有希子所留。沖矢昴得知柯南真實身份。最後世良含淚回望柯南和蘭，說：“果然我是個壞孩子呢。”
699-700
世良問小蘭阿笠博士的車子顏色，假裝在群馬縣與柯南偶遇，並試圖讓柯南通過她的手機與灰原哀聯絡，而步美等人困在被兇手縱火的小木屋中，灰原為了幫助大家逃生而服下APTX4869解藥暫時恢復，世良對光彥拍下的視頻中的宮野誌保非常驚訝，另外此段視頻也被安室透、沖矢昴通過網絡看到。
701-704 黑衣組織通過宮野誌保手上的“鈴木特快號”神秘列車戒指票，知道其將乘坐神秘列車。於是貝爾摩德假扮成傷疤赤井潛入鈴木特快號，並確認雪莉就在車上。貝爾摩德給灰原哀發去聲明要取其性命的短信，灰原離開包廂並受到侵入其手機的沖矢昴“到我的領地來”的邀請。世良在列車上遇見了貝爾摩德假扮的赤井秀壹，喊了他“秀哥”後被電暈，但被沖矢昴帶回了世良的包廂。貝爾摩德扔掉了工藤有希子的變裝工具，並引發排煙裝置，安室透配合謊稱車上發生火災，引乘客逃離避難。柯南給有希子打電話，誘騙貝爾摩德未離開包廂，並在說穿怪盜基德身份後委托他假扮成宮野誌保進入最後客車廂。安室透出現，對“宮野誌保”說出自己的組織代號波本，以及之前的傷疤赤井是自己假扮，目的是為了調查赤井的生死，也因此確認了赤井的死亡。安室透將“宮野誌保”逼入最後壹節車廂，身後突然出現無疤赤井，向車廂連接處扔了壹枚手榴彈，車廂脫離後貝爾摩德引爆了炸彈，怪盜基德乘滑翔翼逃離。列車停靠後貝爾摩德發現雪莉未死，但沒有告訴組織其他成員。安室透對赤井之死產生懷疑，準備重新調查。沖矢昴露出與赤井秀壹相同的眼神。
706 安室透發現柯南使用麻醉針的動作。貝爾摩德勸安室離開毛利，安室拒絕並稱對“沈睡的小五郎”產生興趣。
723 安室透救少年偵探團於險境，沖矢昴通過樓上的窗戶目送他離開。
724-725 世良重提“神秘列車”上帽子丟失的事情，詢問小蘭有沒有見到“傷疤赤井”。
727-728
蘭在看著世良跑遠的背影不由自主地說出“波浪”，並說“看著世良跑走的背影，耳邊總會響起海浪漣漪的聲音”。柯南悄悄問世良：“妳和我在哪裏見過嗎？”但世良未正面回答，並想：“很抱歉，現在還不能告訴妳，因為還沒到時候……”
734 柯南告訴茱蒂傷疤赤井為波本假扮，拜托她調查安室未離開波洛咖啡廳的原因。波本竊聽柯南和朱蒂的對話，稱柯南為“可怕的男人”。
739 柯南通過與高木警官的對話發現神社事件中賞櫻遊客弁崎桐平和其“妻子”為波本和貝爾摩德假扮。
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