1、經營不善。桂林航空成立之初，由於經驗不足、管理不規範等原因，導致公司的運營成本高企，盈利能力較差。此外，桂林航空在航線開辟、市場推廣等方面也存在不足。
2、資金問題。桂林航空成立之初，由於地方政府出資，公司的資金來源相對穩定。隨著公司的發展，運營成本不斷增加，資金缺口也越來越大，難以維持正常的運營。
3、行業競爭。隨著中國民航市場的不斷發展，競爭也越來越激烈。桂林航空在市場上的競爭力相對較弱，難以與別的航空公司競爭。