原因：余淮的媽媽患上了尿毒癥，他們家開始貧窮，余淮覺得自己配不上耿耿，所以余淮各種借口欺騙耿耿，不想拖累耿耿。
在結局最後壹集有說到真相：
余淮現身，“失蹤”真相終於揭開。錯過了九年，耿耿不想再失去。借著黑夜，耿耿強吻表白。余淮說出曾經也喜歡過耿耿，但現在，家庭的變故，余淮已經不再是那個最好的余淮。路星河、余淮當面對峙，差點動手。耿耿負氣答應路星河的求婚，路星河和余淮都感到意外。
路星河瀟灑退出，讓耿耿看清自己的心。耿耿給余淮發短信“晚秋高地等妳”，曾經的故事從那裏結束，現在她要讓故事在這裏重新開始。
擴展資料：
耿耿余淮的人物設定：
1、余淮是八月長安所著青春小說《最好的我們》的男主角，“耿耿余淮”之壹，就讀於振華中學，與女主角耿耿同桌三年。
理科極強的尖子生，在班裏考試從不跌出前三名；他待人熱心腸，性格陽光、大大咧咧，在班裏人緣很好，總是活躍在各個活動的中心。然而本是天之驕子，卻被命運打敗，因為要照顧尿毒癥的母親放棄了壹心向往的清華大學。
2、耿耿，從初中以來就成績普通的女生，樂觀大方、熱心體貼，她執著於攝影，總是隨身帶著相機，因緣際會考進振華中學後，在同桌余淮的影響下積極認真學習。
人民網-《最好的我們》大結局曝光揭秘余淮為什麽消失余淮的
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