各地對新農合報銷的時候規定也不太壹樣，建議能盡早報的盡量盡早報銷，尤其不能拖到第二年才提交報銷，這樣就會比較麻煩。在縣市內醫院就 診的居民，建議最好在出院後的半個月到壹個月之內報銷新農合，在縣市外或者省外就醫的居民。在經過新農合經辦機構審批後，最好在三個月內辦理新農合報銷。
醫保機構通過“收入戶存款”開戶銀行收費，也可采取支票、現金、電匯、本票等方式收費，並開具專用收款憑證。醫保機構財務管理部門每月與銀行對賬結算，並將到賬情況反饋給征繳部門。2醫保機構征繳部門根據財務管理部門反饋的醫療保險費繳納情況，向申報後未足額或未及時繳納醫療保險費的參保單位發出《社會保險費催繳通知單》。逾期不執行的，向勞動保障行政部門提供相關情況和資料，由勞動保障行政部門限期改正。
不列入新型農村合作醫療報銷範圍：
（壹）非區內定點醫院門診醫療費用
（二）計劃生育措施所需的費用，違反計劃生育政策的醫療費用;
（三）鑲牙、口腔正畸、驗光配鏡、助聽器、人工器官、美容治療、整容和矯形手術、康復性醫療
（四）存在第三方責任的情況下（五）因自殺、自殘、服毒、吸毒、打架鬥毆等違法行為以及其家屬的故意行為造成傷害所產生的醫藥費;
（六）出國或在港、澳、臺地區期間發生的醫療費用;
（七）城鎮職工醫療保險制度規定不予報銷的藥品和項目;
（八）區醫管會確定的其他不予報銷的費用。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》 第三十條
下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
(壹)應當從工傷保險基金中支付的;
(二)應當由第三人負擔的;
(三)應當由公***衛生負擔的;
(四)在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。