設置內設機構10個，級別為正科級。
1.辦公室
擬訂區局年度工作計劃、有關工作制度及長遠發展規劃；起草和審核重要文稿；負責區局文電、機要、會務、檔案、督辦、信訪、保密、密碼等工作；承擔稅收宣傳、新聞發布及區局政務公開、政府信息公開工作；承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；負責區局目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議和政協委員提案的有關事項；協助領導對有關工作進行綜合協調。
2.政策法規科
辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作；配合財政、審計等部門對稅務部門在稅收政策上的監督與審計工作。負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作。
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法。承辦征管質量考核、納稅信用評定、稅收管理員制度等綜合征管工作。
3.收入核算科
編制年度稅收計劃、免抵調庫計劃；監督檢查稅款繳、退庫情況；開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；承擔稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款核銷管理工作；管理區局財務工作。
4.納稅服務科（辦稅服務廳）
組織、協調和指導區局各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅收爭議的調解；承擔12366納稅服務熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作；負責稅務代理工作的監督、管理、指導、協調。
負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款解繳、欠稅公告、發票購銷、稅法（宣傳）公告、金稅發售、發行、發票代開、報稅稽核、咨詢輔導和受理納稅人涉稅項目審批申請等工作。
5.人事教育科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；監督檢查執行幹部人事規章制度情況；管理區局外事工作；組織實施區局精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估；落實上級巡視相關工作；承擔區局離退休幹部的服務和管理工作。
6.監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對區局工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處區局工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
7.稅源管理壹科
負責對所轄納稅人的監控、管理和服務，具體負責所轄調查核實納稅戶稅務登記及納稅申報、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、對所轄納稅戶開展具體的納稅評估、處理壹般性違規違章行為等。
8.稅源管理二科
負責流轉稅、所得稅等多個稅種的納稅評估、日常稽核和日常管理性檢查工作；負責所轄範圍內增值稅壹般納稅人、所得稅重點企業的具體納稅評估工作和上級機關部署的重點評估企業的納稅評估工作；牽頭組織開展行業、區域性或重點稅源專項納稅評估工作；推廣應用評估軟件，及時報送納稅評估案例及相關材料。
9.稅源管理三科
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作，負責出口貨物退免稅的審核和確認，負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作，編制出口退（免）稅計劃。
10.稅源管理四科
承擔對重點企業、重點行業提供納稅服務工作；承擔對重點企業、重點行業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查的有關工作。貫徹執行國家涉外稅收法律法規，配合有關部門組織實施反避稅檢查，負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等，負責所轄外商投資企業、外國企業的稅源管理工作，組織實施特別納稅調整工作。
機關黨委辦公室 負責局黨群工作；承擔思想政治工作；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作。 設置事業單位2個，級別為正科級，分別為信息中心和機關服務中心。
1.信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔區局信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織信息安全管理與實施；負責區局計算機設備的維修、維護、調配管理。
2.機關服務中心
承擔區局後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔區局辦公用品的采購、保管、分配、維修；負責局房產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局裝備管理。