網上辦理港澳通行證簽證的流程：
1、登錄出入境網站，按提示要求填好相應內容；
2、在申請的第四個工作日後，可登錄網站查詢申請是否已受理；
3、申請受理後，可以在第10個工作日後，憑有效的港澳通行證、身份證、申請回執編號到市公安局出入境管理處領取簽註。網上申請獲得審批通過後，要制作簽註，必須按規定交費用。
內地居民單獨申請往來港澳通行證，需要填寫申請表，回答有關詢問並提交下列材料：
1、符合《出入境證件相片照相指引》標準的照片；
2、居民身份證原件（身份證件須留存復印件或者電子掃描圖片）、未滿16周歲交驗《居民戶口簿》、軍人交驗軍人身份證明；
3、提交或核驗指紋信息；
4、在非常住戶口所在地申請往來港澳通行證的，提交符合在非常住戶口所在地申請條件的證明；
5、軍人、登記備案的國家工作人員，提交本人所屬單位或者上級主管單位的同意辦理出入境證件的函；
6、未實行按需申領護照地區的內地居民，按照有關規定出具相關證明材料。
《中國公民因私事往來香港地區或者澳門地區的暫行管理辦法》 第三條
內地公民因私事前往香港、澳門，憑我國公安機關簽發的前往港澳通行證或者往來港澳通行證從指定的口岸通行；返回內地也可以從其他對外開放的口岸通行。指定的口岸；往香港是深圳，往澳門是拱北。