清道光十年（1830）四月二十七日，翁同龢出生於北京城內石駙馬街羅圈胡同。翁家世居蘇州府常熟縣（今屬江蘇).翁同龢的父親翁心存，字二銘，號邃重，道光進士。曾任禮部、戶部、工部尚書、翰林院掌院學士、體仁閣大學士，充任上書房總師傅，授讀恭親王、諄郡王、惠郡王、鍾郡王。晚年曾任同治皇帝師傅，是道光、鹹豐兩朝的重臣。翁同龢的母親許氏，出身於壹個官僚家庭，自幼通《詩》、《易》，曉五經，尤好讀史書。許氏婚後，由於翁心存長期在京為官，不常回家，全部家務就由她壹人操辦。翁同龢有兄姊四人。長兄同書，字祖庚，號藥房，道光進士，官至安徽巡撫。次兄同爵，曾任陜西、湖北巡撫，署理湖廣總督。兩位兄長學問上都有壹定功底，翁同龢深受影響。兩位姐姐也都聰明過人，大姊壽珠尤其聰明，詩書過目成誦不忘。翁同龢是兄姊中最小的壹個，備受兄妹疼愛。翁同龢四歲以前，父親曾先後出任四川、江西等省學政，全家跟隨，生活不太安定。其間，母親和大姊教他閱讀了《三字經》、《千家詩》，背誦了幾十首唐詩宋詞及近人吳梅村的詩，開始了啟蒙教育。六歲那年，父親回京任職，翁同龢遂入私塾就讀。在私塾的前兩年，他的功課早晚由大姊輔導，他的《四書》、《五經》和《毛詩》都是大姊親自教授的。
翁同龢八歲時，父親辭官回鄉，供養老母，他也隨之回到了家鄉。在故鄉，度過了他的青少年時代。鄉居10多年，翁同龢利用其家有大量藏書的優越條件，牢記魏人董遇的"為學當以三余"（冬者歲之余、夜者日之余、陰雨者晴之余）的名言，終日埋頭讀書。清明時節，春暖花開，不少人家子弟披紅戴綠、踏青外遊，可他除隨父兄掃墓外，曾不出書房壹步。夏日，氣溫上升，揮汗如雨，他仍手不釋卷；蚊蟲四集，他便在案下置壹空甕，將兩腳放進去，讀書不止。嚴冬，則手持銅爐，吟誦不輟。他先後閱讀和瀏覽了先秦諸子、唐宋八大家等人的著作不下百余種，從而打下了堅實的學問基礎。翁同龢九歲那年，參加童子試，壹舉考進了由其父擔任主講的縣遊文書院。在這裏，他常與同學聚集在壹起切磋學問。翁同龢好談歷代典章制度，尤好談《周禮》，認為周公、孔子所講的道理在當今也可以行得通，士大夫立誌當以周公、孔子為榜樣。他的議論，常常遭到同學的非議，翁同龢堅持己見，常與他們爭得面紅耳赤。
在遊文書院讀書期間，翁同龢還同常熟、昭文（雍正二年即公元1724年分常熟縣置，1912年並入常熟）兩地的書法家交往，與他們結交為友。研摩碑帖，從而為他後來書法自成壹家打下了壹定的基礎。
由於他天資聰穎，學習勤奮刻苦，再加上家庭的影響，翁同龢在鄉裏漸漸有了名氣，正如他自己所言："少壯才名第壹流。"
鄉居期間，在父兄指導下，翁同龢開始習作八股文，準備走讀書做官的道路。正當他在仕途的道路上舉步之時，道光二十年（1840）五月中英第壹次鴉片戰爭爆發。道光二十壹年（1841）六月，英國侵略軍從廣東沿海北上，進犯長江門戶吳淞口要塞，江南震驚，百姓紛紛舉家遷避。翁同龢壹家避居蘇州（今屬江蘇）。在蘇州，翁同龢遊覽了宋代大政治家範仲淹的舊居"端園"和祠廟白雲寺，將範仲淹"先天下之憂而憂，後天下之樂而樂"的名言銘刻在心。三個月後，全家回到常熟，過了不到壹年的平靜生活。道光二十二年（1842）五月，英國侵略軍侵入長江，沿江守軍潰散，百姓四散逃命。翁同龢全家再次逃難，避居常熟南鄉釣渚渡衛家濱。釣渚渡離明末抗清英雄瞿式相故居不遠，距顧炎武當年隱居的唐市語廉涇也只有數裏之遙。在釣渚渡，父親又壹次給他講述了瞿式相和顧炎武英勇抗清的故事，使他的愛國思想進壹步萌發。
道光二十二年七月，清政府與英國侵略者簽定了喪權辱國的《中英南京條約》，中英第壹次鴉片戰爭結束。八月，英軍退出長江，翁同龢全家回到常熟城裏。日子剛剛安定，不幸之事又接踵而至。壹年之內，合家三喪，先是大姊因難產而亡，接著是二嫂楊氏病卒，不久則是年老的祖母病故。大姊去世時，翁同龢正在蘇州府參加府試，惡耗傳來，遂棄筆離開考場，回家治喪。大姊的去世，給翁同青以沈重打擊，曾壹度臥床多日，性格從此變得抑郁寡言，但在學業上仍不懈怠。道光二十五年（1845），翁同龢考中博士弟子生。次年，翁同龢又參加府試，補上了諸生。
道光三十年（1850）春，翁心龢奉召回京任職，翁同龢陪同雙親壹同進京。是年，正趕上禮部舉行貢試和撥貢試，翁同龢遂參加了這兩次考試，均考取第壹名，被封為七品京官，在刑部供事。對此，翁同龢並不滿足，而是繼續努力，供職之余，他把精力全部用於研讀經史、練習楷書和作八股文上。鹹豐二年（1852），他22歲那年考中舉人。鹹豐六年（1856），即他26歲那年，正值第二次鴉片戰爭爆發、太平天國農民革命運動風起雲湧之時，參加廷試，壹舉考中壹甲壹名。
二、屢次充任考官為國選拔人才
翁同龢中狀元後，被授為修撰，在翰林院供職，參加庶吉士學習。
鹹豐八年（1858）六月，正在參加庶吉士學習的翁同街被鹹豐皇帝破格任命為副考官，奉命典試陜西，正考官則是翁同龢的好友潘祖蔭。這對翁同龢來說，是壹種殊榮。可並沒有引起他多大的熱情，因不久前他的愛妻湯孟淑不幸病逝，此時的翁同龢仍沈浸在悲痛之中。但聖命不可違，且按規定考官必須準時到達考點，容不得半點推延。
七月底，翁同龢極力克制自己，打點行裝，辭別親友，同潘祖蔭壹同踏上了西去陜西的旅途。
翁、潘二人由直隸出發，取道山西，經近壹個月的車馬勞頓，到達陜西省城西安。
八月中旬考試開始，翁、潘二人坐堂主考，巡察整個考場，要求極為嚴格。
由於氣候不適、水土不服，翁同龢主考的當天就病倒了，寒熱發作，徹夜難眠。但他為報皇恩，強忍病痛，堅持支撐著批閱薦卷，直到三場試作閱畢。
發榜時有人告發，獲第三名的考生張批績所答試卷為抄襲他人之文。翁、潘二人同監臨核準後奏請，將張除名。對張之所為，翁同龢極為憤慨，本想嚴加訓斥，後得知張已60有余，大自己兩旬還多，只好作罷。事後，翁同龢曾大發感慨，認為八股取士有其不足之處，同時對名落孫山者寄予壹定的同情。
八月底，陜西典試結束，即將回任的考官們欣賞翁同龢的書法，紛紛請他題字留念。此時雖翁同龢病體尚未痊愈，但他不負眾望，揮毫潑墨，來者不拒，壹寫就是幾日，致使病情加重，經多方調養，直到九月底方能下床走步。正值此時，壹道聖旨飛傳西安，翁同龢被任命為陜西學政，視察陜西全省各府、縣考試童生及生員事宜。
十月初，翁同龢帶病上任，足跡遍布800裏川，經過兩個多月的勞累，至鹹豐八年（1858）十二月視學完畢。鑒於病魔纏身，他便上書奏請開缺。
鹹豐九年（1859）壹月，皇上恩準翁同龢開缺，返京調養。二月，翁同龢從陜西起程回京。三月底，回到了北京。
回京後的第三年，同治元年（1862）翁同龢被任命為鄉試正考官，典試山西。這以後，他曾多次涉及文衡，屢次充任考官，所以門生故舊遍布朝野，為清王朝選拔了大批人才。
三、入值弘德殿行走備受帝後信賴
同治四年（1865）十月十四日，"垂簾聽政"的慈安、慈禧兩太後諭令翁同龢為弘德殿行走，同工部尚書倭仁、翰林院編修李鴻藻、實錄館協修徐桐負責教育年僅10歲的同治皇帝。充任帝師，這是朝廷對翁同龢的器重和信賴，翁同龢非常高興，向兩太後表示，壹定竭盡全力，輔導皇上，報答皇恩。
十月十七日，翁同龢、倭仁和徐桐第壹次進宮授讀。天剛剛廉亮，翁同龢就來到弘德殿候駕，倭仁、徐桐也隨後來到。待同治帝駕到，翁同龢等立即向前行君臣大禮，同治帝喊了壹聲"師傅"，隨後君臣趨步進入書房。同治帝坐兩面東，師傅們坐東面西，壹天的授讀正式開始。
這壹天首先授讀的是倭仁和徐桐，講授的是《尚書》和《孟子》的有關章節。膳後，翁同龢接著講授，他講的是《帝鑒圖說》。此書內容更深，但圖文並茂。翁同龢針對同治帝年幼的特點，深入淺出，使同治帝聽得津津有味，深深佩服翁同龢的學問，翁同龢第壹次授讀成功。
翁同龢講完《帝鑒圖說》後，又給同治帝講授了《聖祖廷訓格言》、《清朝開國方》、《經史語錄》、《毛詩》、《孝經》等課程，並指導同治帝學詩作論。
翁同龢深知自己所教的學生並非凡夫俗子，而是壹代天子，典學成否，直接關系到清朝的興亡，非同小可，因此他授讀格外認真。每天寅時（早晨四點左右）入值，申時（下午五點左右）回家，壹年四季，除生病外，幾乎日日如此，有時甚至帶病進講。有時為弄清壹個問題，查找壹本書，跑遍北京大小書鋪。為使皇帝能學會作詩，他專門編輯了《唐詩選讀》，親自抄呈，交同治帝帶回宮中閱讀。同治帝閱讀古文有困難，他便將常用文言虛詞集錄成冊，附上例文註釋，供同治帝閱讀。因筆不合手同治帝書法不佳，翁同龢親自到筆店買了兩支上等筆送給同治帝。在教育方法上，他也極為講究。當他看到皇帝精神疲倦時，就停止授課，讓皇帝到庭中散步，借以解除疲勞；當同治帝表示作論太難、提議不妨先由師傅作幾段時，翁同龢便如此照辦。翁同龢不但在授讀上下功夫，而且對妨礙同治帝學習的壹切作法，那怕是太後所為，他也敢直言勸阻。所以，翁同龢的講授，深得同治帝和太後的好評，稱贊他"講授有方"、"入值甚勤"。
翁同龢入值弘德殿期間，還奉命去養心殿為兩宮皇太後進講《治平寶鑒》壹書的有關章節。對翁同龢來講，給垂簾聽政、掌握實權的兩官皇太後進講比給年幼無知的同治帝進講更為榮耀，但壹旦出錯，不但貽笑士林，而且有可能被革職為民，身敗名裂。因此，在第壹次給兩宮皇太後進講的前夜，他將要進講的內容溫習再三，幾乎壹夜沒睡。他第壹次進講的題目是《宋孝宗與大臣陳俊卿論唐太宗能受忠言》。在進講中，翁同龢反復闡述了君主虛懷納諫、禮賢下士與國家利益的關系，講得不僅儀節規矩大方，而且思路清晰、語言流利、剖析精當，兩宮皇太後及在場王公大臣無不感到滿意。此後，他還給兩宮皇太後進講了關於宋、金、元、明四朝帝王政治事跡的15個專題。在進講這些專題時，他將歷史與現實結合起來，並借兩太後的提問，根據個人所見所聞，如實陳述，大膽批評當朝弊政，並相應提出改正意見，其中許多意見後來被采納。他如此敢於直言進諫，這在當朝上大夫中是極少見的。
同治十年（1871），正當翁同龢為進講再作努力之時，其母許氏病逝，翁同龢上奏獲準回籍治喪，離開弘德殿上書房，直到同治十三年（1874）治喪期滿才回京復職，再次入值弘德殿，擔任同治帝師傅，直到同治十三年十二月，同治皇帝病逝。
翁同龢入值弘德殷期間，由於他聰明能幹、備受皇帝和太後信賴，所以屢受殊榮。同治四年（1865），他奉旨閱看文宗實錄，按例只有親王、大學士才有資格閱看前朝皇帝實錄。在仕途上，由譽事府右中允特接侍講，再擢為國子監祭酒，進而提為太仆寺正卿、同治十二年（1873）同治皇帝親政後，推恩賞給他壹品頂戴，真可謂壹帆風順，步步登高。
四、兩度出任刑曹按律理獄辦案
光緒元年（1875）八月，翁同龢奉旨暫行代理刑部右侍郎，直到光緒二年（1876）初始任毓慶宮行走，擔任光緒帝師傅，任職僅有四個月。時間雖短，但翁同龢卻在有限的時間裏力主按律辦案，作了大量工作。這其中最有影響的是為清末四大奇案之壹的楊乃武與小白菜案平了反。
這壹奇案是這樣的：杭州府余杭縣（今屬浙江）城廂鎮壹豆腐店夥計葛品連，同治十二年（1873）春娶畢秀英為妻。畢氏天生貌美，又喜穿綠色衣服，系白色圍裙，人送綽號"小白菜"。葛、畢婚後，租借了新科舉人楊乃武的壹間房子，毗鄰而居。時楊乃武喪妻不久，兩家來往頻繁，楊乃武與小白菜也曾單獨來往過，但並無傷風敗俗之事。葛品連突然於同治十三年（1874）初冬暴病而亡，葛母懷疑可能是兒媳小白菜與楊乃武串通謀殺親夫，送上告余杭知縣，鳴冤請驗。
余杭知縣劉錫彤接狀後，送帶領三班衙役開棺驗屍，判定葛品連是中毒而亡。於是，劉錫彤下令拘捕嚴審小白菜，小白菜供認實不知情，劉錫彤便下令施用酷刑，小白菜仍供實不知情。劉錫彤之子劉海升，遊手好閑，曾誘奸過小白菜；縣衙役何春芳也曾企圖強奸葛畢氏，未遂。劉海升和何春芳二人恐小白菜口供將二人牽連進去，遂恐嚇小白菜：只要她供認是與楊乃武通謀殺丈夫，可免除死罪，否則罪加壹等。小白菜受刑不過，只好按劉海升和何春芳二人指定的去說，承認葛品連是自己與楊乃武合謀毒死的。劉錫彤下令拘捕楊乃武到堂，楊乃武則堅不承認。劉錫彤為包庇其子，便將不實之驗屍記錄及審訊記錄上報杭州府，請求"二審"。杭州知府陳魯不去核實，據劉錫彤提供的材料，對楊乃武嚴刑拷打，楊乃武不堪受皮肉之苦，只好含屈成招。府又報省，並擬定處死小白菜、楊乃武。
浙江巡撫楊昌睿曾親自審訊，小白菜、楊乃武料難翻案，屈供如前。楊昌睿曾派衙役去余杭縣調查，但由於所派衙役受劉錫彤重賄沒有深究，楊昌睿聽信虛言，仍照杭州府所擬罪名上報刑部。在此時，楊乃武在獄中寫了壹篇親筆辯供，揭發余杭知縣劉錫彤之子劉海升和縣衙役何春芳對小白菜所行不軌之事，並設法將親筆辯供送給他的姐姐葉楊氏。葉楊氏遂同楊乃武之後妻楊詹氏身背"黃榜"（冤單）進京呈控。葉楊氏、楊詹氏二人進京後受盡艱難，刑部受理，認為此案有疑，廷旨交浙江巡撫親自復查。復查中，楊乃武、小白菜雙雙翻供，浙江巡撫感到此案棘手，此案於是被擱置下來。直到光緒元年（1875），由於楊詹氏、葉楊氏幾度進京四處鳴冤，吏科給事中王書瑞上書提出異議，浙江籍京官聯名上奏請再行審問，西太後慈禧才下令刑部盡速復審。
此時，刑部六堂官中，由於種種原因，主事的只有翁同龢壹人。翁同龢接旨後，詳細閱讀了有關楊乃武與小白菜壹案的有關材料，發現了許多疑點，遂奏準暫不入奏。
為徹底查清案子的來龍去脈，翁同龢進行了深入細致的調查。他先後走訪了熟於案律的同行同僚、在京的浙江籍官員許多人，與他們***同探討此案，征詢他們對此案的意見。經過調查，翁同龢越發堅定了自己對此案有疑的看法，表示案情壹日不明，決不草率定案。後唯恐自己判斷有誤，又進壹步調查核實，並上奏西太後。西太後采納了翁同龢的意見，下令將所有人犯、證人押解刑部審訊，對葛品連再次開棺驗屍。結果，人證、物證證明葛品連並非中毒而亡，而是暴病而死，小白菜、楊乃武並無串通害人之舉，二人無罪獲釋，案情大白於天下。
案情既然大白於天下，翁同龢便同其同僚數人陳奏西太後慈禧應按律懲治此案中行為越律者。為收買人心，以示清明，西太後慈禧采納了翁同龢等人的意見，將浙江巡撫楊昌睿以下100多名官吏革職、充軍。至此長達三年之久的楊乃武與小白菜案得以了解。
光緒五年（1879）壹月，翁同龢被任命為刑部尚書，直至此年五月。
此次在刑部任上，翁同龢對刑部進行了整頓，撤換了部分不稱職的官吏；對含糊不明易被偷梁換柱的律例規定，作了明確的界定；親自查看大案、疑案的案情材料，堅持依法辦案，按律治罪。
翁同龢兩度出任刑曹，前後在任時間相加不過10個月，時間雖短，但由於他能按律理獄辦案，所以在任期間備受西太後慈禧和王公大臣們的贊賞。
五、擔任毓慶宮行走循循善誘光緒帝
光緒元年（1875）十二月壹日，兩宮皇太後降旨翁同龢和侍郎夏同善擔任毓慶宮行走，充任剛剛即位、年僅四歲的光緒皇帝的師傅。
翁同龢接旨後，喜憂並舉。喜的是兩宮皇太後壹再重用自己，再為帝師。憂的是要將壹個年僅僅四歲的孩童塑造成壹代聖主，責任重大。他考慮再三，壹再推辭，但終未獲準，且西太後慈禧溫諭再三，要他"盡心竭力，濟此艱難"，翁同龢只好勉力從之。
光緒二年（1876）三月二十壹日，是翁同龢向光緒帝進講的第壹天。翁同龢首先教光緒帝寫了"天下太平"、"光明正大"八個字。接著，又教光緒帝朗誦了"帝"、"德"二字。最後，進講了《帝鑒圖說》的首篇《三皇五帝》。從這壹天起直至光緒二十三年（1897）壹月毓慶宮書房被撤，翁同龢擔任光緒帝師傅達20多年之久。20多年中，翁同龢盡心盡力，循循善誘光緒帝，彼此結下了深厚的感情。
翁同龢授讀的前兩年，主要是教光緒帝認字、讀生書、背熟書。翁同龢規定生書每天讀20遍，熟書每天讀50遍。當時課文雖短，但由於光緒帝年幼不諳世事，且體弱多病，常常讀到壹半就不再讀了。師傅催促，權作耳旁之風。每每見此情景，翁同龢便心急如焚，有時不免和風細雨申斥幾句，光緒帝則嚎陶大哭，索性多日不開口讀書。翁同龢見硬的不行便來軟的，慢慢左勸右勸，但光緒帝軟硬不吃，翁同龢只好面奏兩宮皇太後，西太後聽後極為不滿，決定用不準多吃食物來嚴加懲罰。翁同龢則於心不忍，又生壹計，何不去求助於光緒帝的生父醇親王奕環。奕環來到書房，先是厲聲訓斥，接著良言相勸。對父親的壹威壹震，光緒帝多少有所顧忌，但久而久之此法也失去了效力。
翁同龢認為長此以往總不是個辦法，遂與其他師傅商定，相對減少讀書遍數，每讀完壹遍由師傅當著光緒帝的面記下，讀完為止。采用此法後光緒帝好了壹陣，但時間壹長，舊病復發，且與師傅們辯論，認為讀書不在遍數多少，應以是否熟練為標準。但對於"熟練"的標準，師生認識不壹，彼此爭論不休。師傅們壹計不成又使壹計，規定：如光緒帝不讀完規定的遍數，便請他在位子上久坐不準動。可壹個四、五歲的孩童哪能坐得住，為此光緒帝常常大哭不休。翁同龢本不同意此計，見光緒如此鬧騰，便宣布取消，事情才歸平息。
光緒二年（1876）至光緒四年（1878）毓慶宮書房是半天上課，隨著光緒帝年齡的增長，自光緒四年（1878）改為全天上課，要讀的書越來越多，本來畏懼的光緒帝越來越畏難。翁同龢見光緒帝年已漸大，不督促他讀好書會貽誤光緒帝終生，禍及整個大清王朝，便與其他師傅商定采用罰讀法，少讀壹遍罰加兩遍。此法采用之初，光緒帝以閉口不讀相對抗，接著便大聲哭叫，對此翁同龢和其他師傅們全然不顧，並將光緒帝所作所為記錄下來，上奏西太後。有壹次，光緒帝壹怒之下離開書房，罷學回宮而去。翁同龢和其他師傅們不得不上奏，求助於西太後慈禧。後經西太後慈禧良言相勸，再加上師傅們承認自己的行為偏激，光緒帝才答應回書房。這樣，壹場轟動皇宮的裏學風波才歸平息。
經過光緒帝罷學這場風波，翁同龢和師傅們得出教訓，認為罰讀法也並非壹個勸學的好辦法。於是，經翁同龢提議，師傅們決定改用表揚法，每讀完壹遍表揚壹番，從正面進行教育。表揚法采用後，光緒帝感到心情非常舒暢，學習的積極性大增，壹改往日不良學風，學業不斷長進。
翁同龢不但在學業上是光緒帝的良師，而且在生活上也是光緒帝的益友。光緒帝從小體弱多病，膽子小，每逢雨天電閃雷鳴之時特別害怕。每當此時，翁同龢總是將光緒帝抱在懷中，安慰他不必懼怕；光緒帝從小離開父母進宮，由太監服侍，太監們知道皇帝乃壹孩童，常常敲詐，當得不到滿足時，便怠慢光緒帝。翁同龢得知後，有時當面訓斥不規太監，有時上奏兩太後責罰。為此，光緒帝視翁同龢為知己，有什麽喜悅都願意與翁同龢述談。
年復壹年，至光緒七年（1881）光緒帝已是11歲的英俊少年，開始明事知禮。此時，西方列強的侵略已開始從沿海地區向中國內地深入，中國面臨著危機。因此，翁同龢決定加強對光緒帝的教育，在保留《四書》、《五經》等20多門有關封建倫理道德課程的同時，又增設了有關中外史地、洋務運動和早期改良主義者著作方面的課程。
翁同龢在給光緒帝講授新增設的課程時，結合當時發生的重大政治、軍事、外交事件，積極引導光緒帝思考現實問題，從而將毓慶宮書房與整個社會聯系起來。光緒帝聽了這些新增設的課程後，感到受益非淺。這對他在政治上成熟較早，特別是後來發動維新變法運動產生了壹定的影響。
翁同龢除在學業上教授光緒帝外，還註意對光緒帝加強道德修養方面的教育。翁同龢第壹次給光緒帝進講時，就給光緒帝講授了"帝德如天"的道理。在以後長達22年之久的授讀過程中，翁同龢時常規勸光緒帝在言行舉止、待人接物方面應莊重大方，不要迂腐。
經翁同龢等人精心教誨，光緒帝隨著年齡的增加，變得越來越懂事，立誌要作壹位象康熙那樣的壹代聖主，因此讀書非常勤奮，每天黎明前就進書房讀書，壹年四季，幾乎天天如此。每到春節放假時，他仍堅持到書房讀書。為滿足自己的學習欲望，他常常向師傅們索取新書，所讀書的範圍越來越大，在光緒十五年（1889）親政前總***讀了八、九十種書。這些知識為他親政奠定了堅實的基礎。
光緒十五年（1889）光緒帝親政後，翁同龢同往常壹樣仍到毓慶宮書房給光緒帝授課。為滿足光緒帝對西學的探求，他還繼續不斷向光緒帝呈送有關西學的著作，並且常在書房同光緒帝討論時政。這壹切引起了西太後慈禧和帝黨官僚的疑忌。光緒二十三年（1897）壹月，西太後慈禧下令裁撤光緒帝的毓慶宮書房。至此，翁同龢結束了長達22年之久的毓慶宮教授生涯。
六、首次出任軍機大臣遭受革職留任處分
光緒八年（1882）十月，廷命翁同龢在軍機大臣上行走，翁同龢第壹次出任軍機大臣。
翁同龢此次出任軍機大臣，主要參與了兩項重大政治活動。壹是參與處理雲南軍費報銷舞弊案；二是參與中法越南交涉事宜。
光緒五年（1879），雲南巡撫杜瑞聯就雲南非法軍費報銷壹事，派崔尊彜和潘英章二人攜巨款赴京打通關節。崔、潘二人進京後在軍機處、戶部四處活動，最後以向軍機大臣周瑞清、王文韶、景廉和戶部經辦司員、書吏行賄8萬兩為條件，了結此項報銷。
光緒七年（1881）六月，此案被告發，西太後命刑部審理。刑部最後查明5萬兩銀子的用處，另外3萬兩賄賂了王景二人。不久，江西道監察禦史洪良品上奏彈劾王、景二人貪贓枉法。西太後命停親王和翁同龢傳問洪良品。結果查明洪良品所言只是捕風捉影，無證人證據。西太後遂命諄親王、翁同龢傳訊崔、潘到案，與周瑞清、戶部承辦司員、書吏等當面對質。王、景二人見劣跡敗露，遂上奏獲準辭職。但此案還未最後判決，西太後令徹底查清。
翁同龢等在進壹步清查中，發現所謂王、景二人受賄的3萬兩白銀沒動仍存在錢莊，另外5萬兩大多列為"別敬"、"贈敬"、"節禮"等項，涉及到許多官員。諄親王力主嚴追，翁同龢則認為，窮追不舍，涉及官員之多，恐難結案；京官俸銀微薄，下官贈與，向有此例，不能視為受賄。為此翁同龢和諄親王產生分歧，案子壹擱就是三個月。
三個月過去，西太後令翁同龢迅速結案，翁同龢遂作了進壹步調查；認為王、景二人雖有受賄之意，但無受賄之舉，按律應從輕處罰；其余5萬兩，大多屬饋贈，不便查出。對此，諄親王仍持反對態度。翁同龢便心平氣和地向諄親王反復陳述"法不阿貴"，"貴為同法"的道理，表明斷案應按律從事。後諄親王表示同意按翁同龢之意上奏，西太後則於光緒九年（1883）八月，分別處分了案中人犯。至此，長達三年之久的雲南軍費報銷舞弊案結束。
翁同龢首任軍機大臣參與的第二件事就是直接參與決策中法越南問題交涉事宜。
19世紀80年代法國政府基本控制越南後，開始向中國侵略。翁同龢力主抗法，反對李鴻章妥協退讓的政策，支持入越作戰的劉永福的黑旗軍。但以李鴻章為代表的主和派壹味妥協退讓，致使法國侵略者於光緒十年（1884）二月將戰火燃到鎮南關壹帶，中越邊境危機，西太後為此於四月撤換了軍機處的全套班子，翁同龢也沒有幸免，遭革職留任處分，退出軍機處。
七、勉強出任戶部尚書帝後二黨逐漸形成
光緒十壹年（1885）十壹月二十九日，廷命翁同龢出任戶部尚書。翁同龢接旨後極為恐慌，因翁同龢深知此時清朝危機四伏，財政拮據，出任戶部尚書，負責壹切大小開支，是壹件相當棘手的差使，而自己又是外行，輕則為人指責，重則革職丟官。但又壹想自己在中法戰爭中的革職留任處分剛剛撤消，不便推就，只好強硬著頭皮勉強走馬上任。
光緒十三年（1887）八月二十三日，黃河決口，西太後令戶部撥款200萬兩賑濟。翁同龢受命後為之壹驚，此時國庫空虛，哪來200萬兩白銀賑災修河？遂召戶部諸官連日商討籌款事宜，最後大多贊同廣開捐例籌款。所謂廣開捐例，就是大肆賣官鬻爵。翁同龢認為廣開捐例，會造就壹大批貪官汙吏，害國害民，所以極力反對廣開捐例籌款。後因西太後同意此法，翁同龢只好遵命領旨，盡心辦理，但至光緒十四年（1888）底才收到捐銀80萬兩，遠遠不足以用來修河賑濟。不久，內務府光緒帝大婚典禮籌備處又要求戶部再投100萬兩。翁同龢窮於應付，不得不舉借外債，從此清政府開始靠借債茍延殘喘。
同年，發生了李鴻章私自與美商合夥籌開華美銀行的事件。李鴻章為籌措巨款，舉辦海軍，修築鐵路，建造頤和園，取悅於西太後，派人頻繁與美商聯絡開辦了此銀行，其中美商出資居多，實為美商節制。
光緒十三年（1887）七月，翁同龢得知後，極為震驚，認為銀行乃國家的大政，銀行被洋人節制嚴重損害了國家的主權。遂力陳西太後萬不能批準。九月，翁同龢又策動80多名禦史上奏，彈劾李鴻章開辦華美銀行是欺君賣國。此外，翁同龢利用醇親王奕環與李鴻章爭權奪利的矛盾，多次遊說醇親王，要奕環出面向西太後陳奏，阻止李鴻章的行動。
李鴻章開辦華美銀行的計劃公開後，引起英、美等國的反對，因為華美銀行壹旦開業，則會影響他們在華