系統萌化是萌化的壹種（也是目前萌化應用最廣，也是最廣為人知的壹種），也是系統美化(針對壹切數字應用平臺的美化)的壹種，可以理解為系統的動漫化，是將ACGN素材用系統美化的方式融入系統中，用這些元素把系統裝飾得更萌的DIY操作。
同時，系統萌化又不僅僅局限於針對系統自身的萌化，隨著萌化的發展，參與萌化開發的人越來越多，系統萌化已經從最開始單壹針對系統主題進行萌化發展為不僅針對系統自身，同時也針對系統內的各種應用程序的萌化。 萌化最開始主要指電腦操作系統和軟件的萌化，應用平臺包括Windows XP/Vista/Win7/Win8/Linux/Mac等系統。 當然，萌化已經從電腦系統逐漸延伸到各種其他系統中，比如：掌機(動漫類DS/PSP皮膚、壁紙和主題等)、手機(動漫主題、壁紙和鈴聲等)、平板電腦(ipad等) 。
以下是網上經常使用的壹些萌化作品分類名稱：
1. 桌面主題：針對系統整體界面(開始菜單，文件夾背景，系統顏色方案，聲音方案等)的萌化。
2. 掌機萌化：應用於各種掌機的萌化軟件，例如PSP的CTF/PTF主題。
3. 手機主題：應用於手機(包括智能機及普通手機)的萌化軟件，手機主題等。
4. 登錄界面：是指操作系統啟動後，用戶登錄時候的背景圖片或登錄過程的萌化，並不是指開機自檢時候的圖。
5. 邊欄工具：特指應用於 Windows 7 / Windows Vista 的側邊欄小工具 (Siderbar Gadget)。
6. 光標指針：系統的鼠標指針方案。
7. 系統圖標：系統內各種圖標的萌化。
8. 屏幕保護：系統的屏幕保護，可以是系統本身的屏保程序，也可以是通過其他軟件/程序實現的屏保方案。
9. 右鍵菜單：主要是指針對鼠標單擊右鍵後，彈出的菜單的背景圖片的萌化。
10. 動漫表情：是指各種動畫/二次元設定的表情包或是打包的表情圖片集。
11. 軟件皮膚：是指針對某壹款應用程序(軟件)的萌化方案，比如QQ皮膚、千千靜聽皮膚、搜狗輸入法皮膚、QQ拼音皮膚、WINRAR皮膚、360系列皮膚等。
12. 桌面精靈：是指具有形象以及互動功能的桌面工具，如偽春菜等。應註意區分其與系統工具的區別。
13. 手機鈴聲：手機鈴音或者是手機的提示音、短信鈴音等。多數為動畫歌曲或者動畫中的經典片段的語音截取版。
14. 系統萌音：既系統提示音或系統開關機聲音等。多數由聲優錄制。
15. 工具其他：以上分類不能收錄的萌化軟件、工具等，區別於桌面精靈/邊欄工具的分類。
16.遊戲萌化 ：改變遊戲類人物造型，加以修飾，像lol等。