《柯南》主線劇情有第1集—第14集、第19集、第44集、第49集、第50集、第56集、第59集、第60集、第78—79集、第99—102集、第118集、第124—125集、第135集、第136—139集、第140—141集、第142—144集、第146—147集、第177—179集等。
第1集，琴酒給工藤新壹灌下藥物變小。?
第2集，變小的工藤新壹求助阿笠博士，化名江戶川柯南住進毛利偵探所。?
第3集，柯南轉入帝丹小學，首次替小五郎解決案件。?
第4集，柯南光彥步美元太組成少年偵探團。?
第5集，柯南再次在新幹線遇到琴酒和伏特加，竊聽得知代號。（TV版為假琴酒和假伏特加）?
第6集，鈴木園子首次登場。?
第7集，小蘭首次懷疑柯南身份。?
第9集，柯南使用麻醉針和變聲器替毛利小五郎破案，人稱“沈睡的小五郎”。?
第10集，柯南假裝恢復身體與小蘭對話?
第11—12集，麻生成實彈奏鋼琴在大火中死去，成為柯南壹生的遺憾。?
第14集，廣田雅美首次登場。?
第19集，警視廳高層管理官松本清長首次登場。?
第44集，工藤優作和有希子得知工藤新壹變小的事情，聯絡國際刑警的勢力調查黑衣組織。?
第49集，服部平次首次登場，前來毛利偵探所挑戰工藤新壹。?
第50集，柯南第壹次恢復身體，和服部平次推理對決。?
第56集，在電玩公司掌握組織線索，成員龍舌蘭被炸死。?
第59集，服部平次第二次登場，並開始懷疑柯南身份。?
第60集，服部平次得知工藤新壹和柯南是同壹個人。?
第78—79集，黑羽快鬥首次登場；柯南vs怪盜基德。?
第99—102集，小蘭第二次懷疑柯南身份。?
第118集，帝丹小學小林老師首次登場。?
劇場版1引爆摩天樓，白鳥警官首次登場，瘋狂的建築學家挑戰工藤新壹。?
第124—125集，組織的殺手沼淵己壹郎犯案。?
第135集，化名廣田雅美的銀行收款員，組織底層人物宮野明美被琴酒暗殺。臨死前告訴柯南組織的成員衣服都如烏鴉般漆黑。?
第136—139集，雪莉篇；灰原哀登場；原本是組織的科學家，吃藥變小逃離組織被阿笠博士收留；APTX4869藥物秘密揭曉；柯南得知廣田雅美就是宮野明美是灰原哀姐姐。灰原哀繼續在帝丹小學上學，幫助柯南研究恢復藥。（至關重要，主線劇情轉折點）?
第140—141集，競技場事件；灰原哀透露工藤新壹早在半個世紀前就和組織的某項秘密計劃扯上了關系。?
第142—144集，怪盜基德第二次登場；柯南利用鈴木園子解決案件。?
第146—147集，藍色古堡探索事件，灰原哀出場解決案件。?
第177—179集，服部平次和柯南壹起解決案件。?
第181—182集，新出智明登場。?
第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢復身體，柯南在杯戶飯店和琴酒交手，成員皮斯可被殺。貝爾摩德登場，奉命尋找雪莉。?
第203—208集，生死篇；柯南因保護少年偵探團而負傷，小蘭第三次懷疑柯南身份；緊接著，柯南再次恢復身體，扮演黑衣騎士解決案件，和小蘭在飯店約會時藥效到期。?
劇場版5，天國篇；琴酒槍殺電腦工程師原佳明，炸掉西多摩市的日本第壹雙塔摩天大樓。柯南用夏威夷學的車技拯救偵探團。?
第233—234集，目暮警官的秘密。?
第235—238集，黃昏篇；黑羽快鬥第二次登場，怪盜基德VS工藤新壹；黃昏之館內家具都有烏鴉的標記，主人是半個世紀前去世的富豪烏丸蓮耶。?
第241—243集，人魚篇；組織在自稱長生不老的人魚島留下的痕跡；疑似與雪莉、琴酒、伏特加、波本有關。?
第245—246集，朱蒂老師首次登場。?
第249集，貝爾摩德調戲琴酒，易容成新出醫生坐公交試探柯南和灰原哀；赤井秀壹首次登場，和朱蒂壹起追查貝爾摩德。?
第250集，公交車搶劫案解決，柯南救下灰原哀，引起貝爾摩德註意。?
第261集，柯南得知琴酒是個左撇子。?
第265—266集，灰原哀的高冷個性開始轉變。?
第272—273集，小蘭與赤井秀壹偶遇。?
第277集，詹姆斯登場，並被歹徒綁架。?
第278集，偵探團解決案件，赤井秀壹接走詹姆斯。?
第291—292集，高木警官告訴柯南關於小五郎資料被盜的事；赤井秀壹開始監視毛利偵探所。?
第293—294集，小蘭開始回憶赤井秀壹；貝爾摩德註意灰原哀。?
第299集，貝爾摩德的身份暴露，柯南查出來克莉絲?溫雅德是組織成員。?
第300集，服部平次VS朱蒂老師。?
第301—302集，柯南得知克莉絲?溫雅德曾經出現在母親的葬禮，說出了神秘的女人更有魅力的名言。?
第306—310集，紐約篇；女明星莎郎?溫雅德登場，克莉絲?溫雅德是她女兒；壹年前工藤解決案件後，小蘭偶遇赤井秀壹得知他是FBI，並救下貝爾摩德易容的公路惡魔；從此貝爾摩德被感化，稱呼小蘭“angel”。?
第311—312集，沼淵己壹郎被判死刑，柯南得知他是組織的成員。?
第326—329集，松田陣平首次登場，最後犧牲。?
第332—336集，接觸篇；第二次掌握組織線索，龍舌蘭在威脅遊戲工程師板倉卓開發軟體。柯南取走板倉卓的日記光盤，在小蘭口中得知赤井秀壹是FBI。最後，伏特加指紋差點被柯南錄取，幸虧有琴酒出現。?
第354—355集，阿笠博士回憶灰原哀父親，宮野厚司。曾出現在新科技發布會，被稱為瘋狂的科學家。母親愛蓮娜是英國人，宮野厚司留學時相識。?
第360—370集，為滿月對決做準備；灰原哀重病不起，貝爾摩德以新出醫生身份看病，竊聽得知雪莉變小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司愛蓮娜留給灰原哀的錄音帶；赤井秀壹得知灰原哀是宮野誌保，FBI開始暗中保護灰原哀；小蘭懷疑朱蒂老師是壞人。?
第371—375集，滿月篇；貝爾摩德開始追殺雪莉，莎郎和克莉絲以及新出三重身份暴露，曾在二十年前殺死朱蒂父親，在碼頭與朱蒂赤井秀壹槍戰，小蘭救下灰原哀；最後貝爾摩德沒有上報柯南和灰原哀的事，因為小蘭是她救命恩人，組織boss郵件按鍵聲被柯南錄下；赤井秀壹和朱蒂身份都揭曉；組織成員卡爾瓦多斯自殺。（主線劇情的高潮，滿月對決）?
第386—387集，怪盜基德的空中漫步。
第392—393集，真正的新出醫生回歸。?
第419―421集，柯南得知組織boss郵件按鍵聲是日本童謠《七個孩子》。?
第428—430集，柯南準備查找boss郵件地址被灰原哀阻止，聲稱是“潘多拉的魔盒”。?
第455―456集，阿笠博士的初戀故事。?
第459—463集，沖擊篇；FBI和柯南阻止琴酒領導的暗殺活動；基安蒂科恩水無憐奈登場；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀壹與琴酒對狙，水無憐奈車禍被FBI運往杯戶醫院。（為紅黑對決做準備）?
第467—468集，本堂瑛佑登場。?
第497―498集，京極真大戰黑道組織泥慘會。?
第502—505集，貝爾摩德出動調查水無憐奈下落，本堂瑛佑引起柯南懷疑。?
第509―510集，怪盜基德盜竊四幅名畫。?
第512―513集，黑羽盜壹和幼年快鬥登場，柯南得知KID名稱來源於工藤優作。?
第519—522集，服部平次和柯南互通情報，白馬探登場。?
第527—528集，本堂瑛佑父親是CIA的事情揭曉。?
第538—550集，紅黑篇；安德烈卡邁爾登場；琴酒用計將水無憐奈奪回組織，成員楠田陸道自殺；詹姆斯告訴柯南，赤井秀壹曾前往組織當臥底化名諸星大，代號黑麥，與宮野明美談戀愛深入組織。
兩年前準備計劃逮捕琴酒，卻不小心暴露身份，返回美國後宮野明美就遭到了殺害；柯南得知赤井秀壹是灰原哀姐夫；最後，赤井秀壹假死，讓水無憐奈獲得信任成為FBI情報員，使用楠田陸道屍體逃脫。
除詹姆斯外都以為赤井秀壹真死；水無憐奈發來短信，組織推理能力高超的波本已經開始行動。（主線劇情的大高潮，紅與黑的碰撞）?
第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，並前往美國準備加入CIA。?
劇場版13，漆黑篇；柯南第壹次與組織正面對決；成員愛爾蘭易容成松本管理管參加警視廳會議，尋找被連續殺人犯取走的組織SD卡，得知柯南真實身份工藤新壹。最後，愛爾蘭被琴酒命令基安蒂狙擊殺死，臨死前棄暗投明保護柯南，柯南從東京塔上跳落用足球腰帶綁住安全帽擊落琴酒的直升機。貝爾摩德稱柯南為“銀色子彈”。?
第556―558集，沖矢昴登場，真實身份FBI搜查官赤井秀壹；公寓火災後沖矢昴被柯南安排住進工藤家，暗中保護灰原哀。?
第562―563集，怪盜基德瞬間移動的魔術。?
第570―574集，死羅神事件，柯南第三次恢復身體。?
第588―589集，怪盜基德VS最強金庫。?
第593―594集，魚兒消失的壹角巖事件，沖矢昴開始展示推理能力。?
第609―611集，諸伏高明大和敢助等長野縣警官登場。?
第614―615集，銀行搶劫案；傷疤赤井秀壹登場，引起朱蒂註意。?
第629―632集，目標篇；傷疤赤井秀壹再次登場，實際上是波本假扮，行動試探FBI探員。引起琴酒的註意，準備槍殺水無憐奈和狙擊傷疤赤井，被貝爾摩德解釋清楚。?
第634—636集，白鳥警官與小林老師的戀愛劇情。?
第638集，怪盜基德VS四神偵探團。?
第667―672集，倫敦篇；柯南第四次恢復，在英國倫敦遇到案件，自稱“福爾摩斯的弟子”，並在大本鐘下向小蘭表白；世良真純和瑪麗前往日本尋找柯南。?
第673—674集，灰原哀感受到沖矢昴的組織氣息。?
第678―679集，怪盜基德的龍馬寶物攻防戰。?
第697―698集，世良真純登場，轉入帝丹高中。?
第702―707集，毒恨篇；世良真純打聽工藤新壹的事引起柯南註意，將消息告訴服部平次。FBI安德烈卡邁爾見到世良真純感覺她很像某個人。?
第719—720集安室透登場，組織代號：波本；拜毛利小五郎為師，在偵探所隔壁咖啡廳打工。?
第722―726集，夜想篇；安室透和世良真純沖矢昴救下柯南，獲取小五郎信任。小五郎將電腦密碼5563告訴安室透。?
第727—728集，灰原哀懷疑沖矢昴是諸星大。?
第733—735集，安室透與高木警官已去世的師父伊達航有關系。?
第751―752集，灰原哀第二次恢復身體，引起安室透和沖矢昴註意。?
第753—756集，列車篇；有希子和貝爾摩德見面，琴酒和伏特加準備炸掉車站，沖矢昴救下世良真純和灰原哀，安室透身份揭曉，怪盜基德救場，雪莉被報告死亡。?
第757—758集，安室透依舊在隔壁咖啡廳打工，並看見了柯南使用麻醉針。從此，安室透開始懷疑柯南身份和“沈睡的小五郎”。?
第774―775集，安室透開始展示高超的推理能力。?
第776―777集，怪盜基德盜竊赤面人魚。?
第779—780集，小蘭回憶自己似乎在以前見過世良，看見世良的背影總是能想起波浪。?
第783―784集，“太閣名人”羽田秀吉首次登場。?
第786―787集，柯南向朱蒂通風報信，安室透和貝爾摩德壹起行動，竊聽對話。?
第797―800集，怪盜基德VS京極真。?
第807―808集，紅衣女事件；世良真純告訴柯南小蘭園子她還有位二哥，她們是三兄妹並且姓氏不同。?
第809集，世良?瑪麗首次出現，照片在世良真純的手機上顯示。?
第812集，世良真純告訴柯南小蘭園子，她曾經去過美國，回國後準備前往二哥那裏居住被拒絕，父親的朋友又提供給她豪華酒店居住；他們前往世良真純居住的酒店去玩，遇到殺人案，柯南趁機安裝竊聽器。?
第813集，世良?瑪麗識破柯南的陰謀，讓世良真純告訴柯南她是“領域外的妹妹”。?
第816―817集，柯南向灰原哀通風報信，領妹的事情。?
第823―824集，柯南得知安室透的第二個代號“零”；安室透得知楠田陸道可能是開槍自殺，稱呼柯南為“隱藏在天真下的魔爪”。?
第832—836集，緋色篇；赤井秀壹假死計劃暴露；安室透真實姓名降谷零，日本公安臥底身份揭曉，開始調查楠田陸道自殺的手槍；朱蒂、卡邁爾得知赤井秀壹還活著，水無憐奈發來短信組織二號人物朗姆開始行動。貝爾摩德是boss的某種特殊關系。（日本公安加入與黑衣組織的對決）?
第838―839集，羽田秀吉再次登場，知道大哥赤井秀壹沒死。世良真純不知道羽田秀吉是著名將棋手，世良真純和領妹都以為赤井秀壹死了。?
第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故換成了義眼。?
第865―867集，大和敢助的左眼受傷，疑似朗姆；黑田兵衛在長野縣登場。?
第868集，安室透的調查，被琴酒盯上。?
第904―905集，羽田秀吉輸掉比賽，和女朋友通話中提到自己義兄羽田浩司。灰原哀聽到這個名字，想起組織死亡名單也有羽田浩司，把這件事告訴了柯南。?
第916―917集，柯南和灰原哀沖矢昴開始在網上調查羽田浩司案，破解暗號得知嫌疑人是淺香和組織二號人物朗姆，資產家阿曼達和羽田浩司壹起死去，淺香是她的保鏢；沖矢昴告訴柯南，羽案是讓他加入FBI的重要案子，和他父親有關。?
第918―919集，柯南繼續調查羽田浩司案，小五郎世良真純和領妹也有調查。琴酒盯上沈睡的小五郎。?