中胚層是指三皮動物胚胎發育過程中(原腸胚末期)外胚層和內胚層之間的細胞層。包括中軸中胚層(脊索)；副中胚層(肌節；成骨性結節、肌源性結節、生皮結節)；中胚層(泌尿系統、生殖系統)；側中胚層(壁層，內臟層)。中胚層發育成真皮、肌肉、骨骼等結締組織和身體的循環系統，包括心臟、血管、骨髓、淋巴結和淋巴管。在體腔末端，臟器的漿膜和腸系膜，以及臟器內的結締組織、血管和平滑肌；腎臟、尿道、性腺(不包括生殖細胞)、生殖道、腎上腺皮質。