酶制劑制備過程中容易發生的生物危害包括:器皿消毒不徹底、發酵過程密封不嚴造成的有毒細菌汙染；復合發酵菌的代謝過程易受外界環境影響，代謝產物不可控；原料成分復雜，發酵過程中產生有毒副產物；長期使用後，菌株可能會變異成毒株，影響產品質量。
擴展數據:
酶本身具有殺滅致病菌的能力，也能促進白細胞發揮相應的功能，分解和吞噬入侵的細菌。炎癥是局部細胞受損，細菌趁機築巢生長的現象。酶也是先運輸白細胞，清除受損細胞周圍的細菌，然後酶開始修復受損細胞，使其恢復活力，從而達到根本的抗炎效果。
各種消化酶將食物分解成氨基酸、脂肪酸、葡萄糖等小分子，體內的代謝酶將其與維生素、微量元素等營養物質結合，轉化為各種細胞、組織和器官，同時排出體內不需要的毒素。人的新陳代謝正常，身體才會健康。
中國寧波網——用網帖做成的果酶罐子裏長出了壹層白發。