發酵有兩個主要含義:
1，殺滅病原菌、草籽等。
2.通過礦化和腐殖化過程，有機質轉化為植物容易吸收的物質。並改善土壤質地。
腐熟有機肥壹般需要兩個階段，即第壹個高溫堆肥發酵階段和第二個陳化階段。不穩定的有機物通過分解過程和微生物的作用轉化為穩定的腐殖質。它的溫度變化可以定義它是否分解。
先說第壹階段:通過原料基質配比，堆肥堆體會吸收高氧，產生高溫，大量可降解揮發性固體減少，臭味逐漸減少，堆肥堆體顏色逐漸變化，需要保持良好的通風和水分控制。
二次堆肥:開始溫度降低，吸氧速率降低，臭味完全消失。
與第壹次堆肥相比，第二次堆肥是必不可少的，因為第二次堆肥可以降解難降解有機物，重新建立嗜溫微生物菌落，從而有助於有機肥的分解，減少植物毒性物質，抑制病原菌。
升溫階段:有機肥分解溫度升至45℃，主要由放線菌、真菌和細菌組成，主要分解糖分和澱粉。甚至主動的生物，動物，動物都參與其中。
高溫階段:當分解溫度達到45℃以上時，嗜溫微生物受到抑制，嗜熱菌占優勢。可溶性有機物繼續被氧化分解，復雜有機物(纖維素、半纖維素、蛋白質、木質素)也開始分解。50℃左右(嗜熱真菌和放線菌)；60℃左右(嗜熱菌和放線菌)；70℃左右(大多數微生物不能適應)。
最佳分解溫度為55℃，因為這個溫度下大多數微生物最活躍，容易分解有機物，大部分病菌、蟲卵、雜草種子都會被殺死。
降溫階段:嗜熱微生物又開始繁殖，占據優勢，進壹步分解殘留的難降解有機物。此時微生物活性下降，堆肥需氧量下降，溫度下降，堆體逐漸穩定。