1，蒸汽消毒有條件的地方，可以將使用過的底物放入消毒箱。生產面積大的時候，基質可以堆到20厘米高，長短視地形而定。所有基板都覆蓋有防水耐高溫布。通入蒸汽後，在70至90攝氏度下消毒1小時即可殺滅細菌，效果好，相對安全，但缺點是成本高。
2.溴甲烷的消毒。溴甲烷熏蒸是壹種非常有效的消毒方法。但由於溴甲烷毒性大，是強致癌物，必須嚴格遵守操作規程，在溴甲烷中加入2%的氯化苦或催淚瓦斯，檢查是否有泄漏到周圍環境中。
3.太陽能消毒蒸汽消毒更安全但成本更高，化學消毒成本更低但安全性更差，而且會汙染周圍環境。太陽能是近年來廣泛應用於溫室栽培的壹種廉價、安全、簡單、實用的土壤消毒方法，也可用於無土栽培基質的消毒。