斯賓諾莎和笛卡爾的觀點最大的不同在於，他們對上帝的態度完全相反。對於笛卡爾來說，上帝的存在是顯而易見的事實，而對於斯賓諾莎來說，上帝則被整個自然所取代。這就是斯賓諾莎著名的自然神論，也被稱為泛神論。
斯賓諾莎認為，實體不能由其他事物產生，存在必須是自身。他繼承了笛卡爾的觀點，認為實體具有無限的屬性，人只知道兩種，即思維和外延。這兩種性質構成了我們對自然的壹切認識。萬物都是由這兩種屬性構成的，自然是引領萬物的造物主。也就是說，自然是創造萬物的神，是真正的神。聖經中提到的神是不存在的，是人們幻想和虛構的東西。他明確表示，上帝不是壹切，壹切都在上帝之內，自然本身就是上帝，實體就是上帝。
由於任何實體都是由思維和外延構成的，因此斯賓諾莎認為所有獨立的實體都是有生命的，每壹個有形的事物的概念都是它的靈魂。所有的精神活動和所有的物質活動都是自然的壹部分，也是上帝的壹部分。自然規律是萬物的內因，也是主宰世界的真神。而每個個體都是整體的壹部分，自然的壹部分，既相對獨立又隸屬於整體。當然，斯賓諾莎的上帝不會自己創造超自然的奇跡，只能遵循自然規律，像數學推理壹樣進化。所以所有的結果都是必然的，世界不是偶然的。
斯賓諾莎和笛卡爾壹樣，對數學方法在哲學中的應用非常感興趣，在演繹方面也有很深的造詣。他的倫理學就像歐幾裏得的《幾何原本》壹樣，充滿了許多定義、公理和定理。當然，這些不同尋常的寫作方法未必能被別人理解和認同，因為沒有多少人會對這些深奧的哲學命題給出數學答案，所以斯賓諾莎在很長壹段時間裏幾乎全軍覆沒，直到17年底，法國人貝勒寫出了他的代表作《歷史批判》
倫理學分為三個部分，形而上學，心理學和倫理學。形而上學直接繼承自笛卡爾，心理學繼承自霍布斯，倫理學獨樹壹幟，充分展現了斯賓諾莎哲學中最有價值的部分。
他認為人是自然的壹部分，人的本性決定了人的本性是保存自己。因此，追求個人利益是人類最高的自然權利，是人性的普遍規律，也是唯壹的道德基礎。這是他倫理學的出發點。由此，他認為善惡的標準是是否有利於自保。當人的自保意圖與身心相連時，就會產生情緒。痛苦、快樂和欲望是人的三大情緒。人最大的幸福是得到最好的，得到最好的意味著人的心靈與自然完全和諧。
既然世界是由自然規律決定的，那麽人有必要提升自己嗎？斯賓諾莎是這樣看待這個問題的。他認為雖然世界無法改變其必然性，但在壹定範圍內，個體可以根據自己的理解改變周圍的環境。當然這種變化會被限制在壹定範圍內，所以他並不認為人的認知能力和轉化能力是無限的。人只能根據自己的能力去做力所能及的事情，必須服從自然規律，人才能獲得相對的自由。斯賓諾莎指出，使人無法達到真正的幸福與和諧的是各種與自然不和諧的內在欲望。如果人們能意識到任何事物都有其必然性，他們就能直觀地了解整個自然界。人們會清楚地明白，壹切都是相互聯系、相互融合的，人們可以用完全和諧的心態去理解世界上的事物。在《倫理學》的結尾，他寫道，“壹個聖人，只要他被視為聖人，他的靈魂很少受到幹擾。他按照某種永恒的必然性認識自己、認識上帝、認識事物，從不停止存在，而是始終保持靈魂真正的平靜和自足。”這個思想和中國古代的道家思想如出壹轍。
與當代科學界的理解不同，現在時間被認為是壹個獨立的實體。斯賓諾莎認為時間根本不存在，它只是人們根據自己的需要虛構出來的東西。他說，“只要精神在理性的指令下理解事物，無論概念是現在事物的概念、過去事物的概念還是未來事物的概念，精神都是同樣感動的。”對於神(自然)來說，年、月、日與它無關。
斯賓諾莎的哲學理論基本上擺脫了神學的束縛，使人們能夠從自然的角度重新認識世界。
從系統學的角度看，他對自然規律的論述，實際上已經闡述了系統關系和規律的基本知識，對人們認識物質世界本身大有裨益。但他的理解是膚淺的，膚淺的，雖然他的邏輯推理花了他很多精力。他的辯證法使他擺脫了形而上學的煩惱，但他卻陷入了機械決定論的泥潭。盡管如此，斯賓諾莎仍然是壹個開拓性的人物，尤其是後來的唯物主義學者，包括謝林、費爾巴哈、馬克思等人，都從他的理論中得到了啟發。
斯賓諾莎本人面對梵蒂岡的威嚴，敢於直言，即使是在被暗殺之後，他知道真相的精神確實難能可貴。羅素在《西方哲學史》中這樣評價他，“斯賓諾莎是偉大哲學家中最高貴、最溫和的。在智力上，有些人已經超過了他，但在道德上，他是至高無上的。”