第壹章總則第壹條為加強和規範保稅區檢驗檢疫監督管理，促進國民經濟和貿易快速健康發展，根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其實施條例、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例， 《中華人民共和國國境衛生檢疫法》及其實施細則、《中華人民共和國食品衛生法》。 第二條本辦法適用於法律、法規規定進出保稅區的貨物及其包裝、墊料、運輸工具和集裝箱(以下簡稱受檢對象)的檢驗檢疫和監督管理。第三條國家質量監督檢驗檢疫總局(以下簡稱國家質檢總局)負責全國保稅區的檢驗檢疫監督管理工作。國家質檢總局在保稅區設立的出入境檢驗檢疫機構(以下簡稱檢驗檢疫機構)對進出保稅區的受檢對象實施檢驗檢疫和監督管理。第四條進出保稅區的受檢物品需要辦理檢驗檢疫審批手續的，應當按照檢驗檢疫法律法規的規定辦理審批手續。第五條受檢貨物進出保稅區時，收發貨人(發貨人)或者其代理人應當按照國家質檢總局的有關規定向檢驗檢疫機構辦理報檢手續，檢驗檢疫機構按照國家有關法律、法規、規章和國家質檢總局的規定實施檢驗檢疫，海關憑檢驗檢疫機構出具的通關證明放行。第六條檢驗檢疫機構應當加強與海關的協作與配合，按照簡便、有效的原則，對進出保稅區的被查驗對象實施檢驗檢疫。第二章保稅區被檢物的檢驗檢疫第七條從境外進入保稅區的被檢物屬於衛生檢疫範圍的，檢驗檢疫機構應當實施衛生檢疫；需要衛生處理的，檢驗檢疫機構應當實施衛生處理。第八條從境外進入保稅區的受檢物屬於動植物檢疫範圍的，由檢驗檢疫機構實施動植物檢疫，需要實施動植物檢疫處理的，應當在檢驗檢疫機構的監督下依法實施。第九條檢驗檢疫機構對從境外進入保稅區的固體廢物、舊機電產品和可用作原料的成套設備實施檢驗監管，並按照有關規定對外商投資財產進行價值評估，對未辦理通關手續的貨物不予檢驗。第十條保稅區企業從境外進口的倉儲物流貨物、自用辦公用品、加工出口所需的原材料和零部件，免於實施強制性產品認證。第十壹條檢驗檢疫機構對從中華人民共和國保稅區和中國境內非保稅區(不含港、澳、臺地區，以下簡稱非保稅區)，未辦理通關手續的進境物品，不予實施檢驗檢疫；需要辦理通關手續的，檢驗檢疫機構應當按照規定對相應的物品實施檢驗檢疫。第三章保稅區受檢物的檢驗檢疫第十二條檢驗檢疫機構依法對來自保稅區的受檢物實施檢驗檢疫。第十三條除法律、法規另有規定外，從保稅區運往非保稅區的被檢物不得實施檢疫。第十四條檢驗檢疫機構應當對從保稅區運往非保稅區的屬於食品衛生監督檢驗和商品檢驗範圍的受檢對象實施檢驗。對分批入區的貨物，可以分批查驗，也可以分批查驗；符合條件的可在入境時申請集中查驗，出境時分批核銷。第十五條按照本辦法第九條規定在進境時已經檢驗的保稅區貨物，經檢驗後出口至非保稅區。
按照本辦法第十壹條的規定，從非保稅區進入保稅區並出口到非保稅區的貨物，不接受查驗。第十六條從保稅區到非保稅區的檢驗項目列入強制性產品認證目錄的，應當提供相應的認證證書，並在產品上加貼強制性產品認證標誌。第十七條從保稅區出口到非保稅區的預包裝食品、化妝品應當向檢驗檢疫機構申請標簽審核。第十八條從非保稅區進入保稅區，未經加工直接出境的，保稅區檢驗檢疫機構出具檢驗檢疫證明換證放行，不再實施檢驗檢疫。超過檢驗檢疫有效期、輸入國家或者地區發生變化且有不同檢驗檢疫要求、包裝發生變化或者重新組裝、報檢已經撤銷的，應當按照規定重新申請報檢。第十九條保稅區企業可向檢驗檢疫機構申請簽發普惠制原產地證或普通原產地證、區域優惠原產地證、特殊原產地證等。出口產品的加工是否符合有關規定。第四章經保稅區轉口待檢物的檢驗檢疫第二十條經保稅區轉口的動植物、動植物產品和其他檢疫物，進境時應當提供輸出國家或者地區政府部門出具的官方檢疫證明；過境動物還應提供國家質檢總局簽發的動物過境許可證和輸入國家或地區政府部門簽發的入境許可證明；轉基因產品轉關運輸應當附有國家質檢總局簽發的轉基因產品轉關運輸許可證。