2006年2月28日，中共中央政治局委員、國務委員兼國防部長遲浩田上將，國務委員兼國防部長中央軍事委員會主席副主席，出任中國少年軍校名譽校長。
2006年2月28日，中共中央政治局委員、國務委員兼國防部長、中國少年軍校名譽校長遲浩田上將為中國少年軍校題寫了校名。
2001年4月28日，《中華人民共和國國防教育法》頒布實施，“少年軍校”活動寫入第二章第十四條。
2004年5月，中國少年軍校總校校長由共青團中央書記處常務書記、全國青年工作委員會主任趙勇擔任。
2006年4月，中國少年軍校校長由共青團中央書記處常務書記、全國青工委主任嶽洋擔任。
2009年4月，中國少年軍校總校校長是共青團中央書記處書記、全國青少年工作委員會主任羅梅同誌。
中國少年軍校總校直屬全國少先隊工作委員會領導，由中國少先隊事業發展中心歸口管理。其主要職能是:
(1)貫徹《中華人民共和國國防教育法》，廣泛動員、引導和組織少年兒童開展以愛國主義教育為核心、以國防教育為主題的少年軍校活動；
(二)制定全國少年軍校發展規劃和階段性工作計劃，指導全國各類少年軍校開展以愛國主義、集體主義、社會主義為主要內容的體驗式教育活動；
(3)開展爭創“全國少年軍校示範校”活動，負責制定完善《中國少年軍校示範校管理實施細則》，加強全國少年軍校正規化建設；
(四)舉辦“全國少年軍校評審”，評選表彰“全國優秀少年軍校工作者”；
(五)制定和實施全國少年軍事院校管理規則和考核標準；
(6)加強少年軍校總校辦公室的領導，提高工作人員素質，更好地為少年軍校和廣大少年兒童服務。