題目設置不合理，類別和層次不明確，選題匹配效果差。學生的畢業設計題目壹般是根據導師的研究方向和實際工程項目來提供的，但每年真正來源於工程實踐的題目比例很小。有些題目是理論性的，學生無法根據所學很好地理解。有些課題開發工具比較復雜，占用了畢業設計的大部分時間。
在選題時，學生可能選不到自己想要的題目，能力差的學生很難選題，影響學生的積極性，導致選題效果差，畢業設計難以完成。畢業設計監控實施難度大，效果差。軟件工程專業畢業設計壹般包括選題、開題、期中考試、程序測試、畢業論文寫作、答辯和成績評定。
軟件開發的畢業論文主要圍繞開發軟件的全過程。可行性分析、需求分析、總體設計、詳細設計、編碼、文檔、測試等。應該寫，主要寫前五項。
但是，對這些環節的監控有時會形成空白地帶。畢業設計不在實驗室進行，有的學生在實習單位實習，有的學生在外地找工作。老師無法定期與學生見面，老師也無法了解學生的具體情況。而且學生各階段提交的文件流於形式，只有指導老師在監控，沒有形成完善的監控體系，導致監控不到位，監控效果不佳。