2004年2月23日 雲南省昆明市公安局接報後，在雲南大學學生公寓壹宿舍櫃子內發現4具被鈍器擊打致死的男性屍體。
2月25日 雲南省公安廳發出A級通緝令，懸賞15萬元人民幣捉拿雲南大學兇殺案犯罪嫌疑人馬加爵。4受害學生均為馬加爵同學。
2月26日 廣西自治區發出通緝令，並懸賞5萬元捉拿馬加爵。此前，警方查明，馬加爵為廣西壯族自治區賓陽縣賓州鎮人。
3月1日 公安部發布A級通緝令，通緝在逃殺人犯罪嫌疑人馬加爵。公安機關懸賞20萬元人民幣在全國範圍內公開通緝。
3月6日 馬加爵父親接受記者采訪時，寫下壹封家書，勸兒自首。他在信中說：“妳平時都說長大了要報答父母恩，現在從妳失蹤後，我們每天都放聲大哭，妳母親已經病得很重了，她是多麽想看見妳啊！……兒子，妳從小就是壹個孝敬父母的好孩子，我們相信，妳不會讓我們永遠去承受這種痛苦的。”
3月初 公安部統壹指揮針對馬加爵的全國大排查，全國出現數十名“疑似者”。
警方查明，2月15日，馬加爵曾在雲南省工商銀行匯通支行學府路儲蓄所分兩次提取了350元和100元人民幣現金；2月8日至13日以及2月15日馬加爵上過互聯網，查詢江西省贛州市、湖南邵東縣和廣州市等地的地理、交通、就業等情況，並瀏覽了有關身份證的制作、核查等有關規定，訪問過互聯網上“公安部”、“廣西壯族自治區公安廳”等網站。上網時間集中在晚上11時至次日7時。
3月12日 廣東省公安廳轉發公安部查緝馬加爵線索的通告：警方調查發現，馬加爵極可能於2004年2月17日下午乘火車離開昆明前往廣東，所涉車次及時間包括：2060次昆明—湛江，時間為20：41；1166次昆明—廣州，時間為23：23。3月15日晚7時30分左右 馬加爵在海南省三亞市河西區落網，當地公安部門正對其進行審訊。
公元2004年6月17上午9時，雲南省高級人民法院裁定核準了昆明市中級人民法院以故意殺人罪判處馬加爵死刑，剝奪政治權利終身的刑事判決。宣判結束，馬加爵即被押赴刑場執行死刑。4月22日，昆明中院公開審理了馬加爵涉嫌故意殺人、附帶民事訴訟壹案，並於4月24日作出刑事附帶民事判決，認定馬加爵犯故意殺人罪，判處死刑，剝奪政治權利終身；判令馬加爵賠償附帶民事訴訟原告人李文楊、唐先和人民幣兩萬元，賠償附帶民事訴訟原告人邵渭清、黃燮梅人民幣兩萬元，賠償附帶民事訴訟原告人楊紹權、馬存英人民幣兩萬元。宣判後，在法定期限內，馬加爵沒有提出上訴，昆明中院即依法報送雲南省高級法院核準對馬加爵的死刑判決。
雲南省高級法院經復核認為，馬加爵無視國家法律，因不能正確處理人際關系，因瑣事與同學積怨，即產生報復殺人的惡念，並經周密策劃和準備，先後將4名同學殘忍殺害，主觀上具有非法剝奪他人生命的故意，客觀上實施了非法剝奪他人生命的行為，已構成故意殺人罪。在整個犯罪過程中，馬加爵殺人犯意堅決，作案手段殘忍；殺人後藏匿被害人屍體並畏罪潛逃，犯罪行為社會危害極大，情節特別惡劣，後果特別嚴重，應依法嚴懲。馬加爵的辯護人關於馬加爵認罪態度好，有悔罪表現的辯護意見雖然符合事實，但馬加爵罪行極其嚴重，對其不予從輕處罰。壹審判決定罪準確，量刑適當，審判程序合法。遂作出裁定，核準昆明市中級人民法院以故意殺人罪判處馬加爵死刑。