有機肥，多數都是農家肥比如牛糞，羊糞，雞糞，鴨糞等糞肥，很多工業下腳料比如味精廠下腳料。糧食下腳料，比如澱粉廠下腳料，藥渣。有機質，按照國家標準，主要是檢測碳元素的含量。很多有機肥包括那些。常見的家畜糞便、稭稈、塘泥、綠肥植物、餅肥、人糞尿等都屬於有機肥。施用腐熟的有機肥後，能改善土壤理化性質和生物活性，增加土壤有機質含量。
而生物菌肥這種有機生物介質的主要指標是有效活菌和有機質，它主要是施於土壤中來中和菌類促進菌平衡的，它適合於在有機質中促進有機質的分解，無機肥壹般泛指化學肥料，如復合肥、二銨、大量元素等，都屬於無機肥的範疇，化學肥料能夠快速補充作物的營養元素，促進作物快速生長，縮短作物生長周期，對於提高產量有些非常好的作用。
三種肥料的成分區別。簡單的理解，有機肥中主要養分是有機成分，無機肥的養分主要是以無機成分為主，生物菌肥的主要成分則是以不含任何養分的微生物菌類為主。但是話說回來，農家肥畢竟每年不夠用，要需要使用無機肥，無機肥肥效快，在農作物的生長期起到決定性的作用，壹般我們這裏壹茬莊稼要施用壹到兩次無機肥，已促進植物生長。
無機肥肥效快，壹般在播種壹段時間撒入土壤內。生物茵費可以與有機肥壹同使用。作物及可以吸收。總而言之，要與當時的氣候，濕度，溫度綜合考慮。外說說菌肥。也就是微生物肥。能提高土壤活性。和農家肥配合使用效果更好。但它不起主要做用。我說它可有可無。並且它不宜和化肥農藥壹起用。因為它有活性。菌肥就好比做菜的味精。