1、人為分類
林奈根據植物雄蕊數目劃分壹雄蕊綱、二雄蕊綱......等。這被稱為人為分類，由此建立的系統稱之為分類系統。
2、自然分類
達爾文認為物種起源於變異與自然選擇。從而得知復雜的物種大致是同源的。物種表面上相似程度的差別，能顯示它們的血統上的親緣關系。因而，有了根據植物的親疏程度作為分類的標準建立的分類系統，稱為自然分類系統。所用的分類方法稱為自然分類。
今天，分類學的主要組成部分仍然是以植物形態學及解剖學方面的資料為基礎，加上植物地理學的知識組成的。
3、細胞遺傳學--物種生物學
研究植物細胞染色體的信息、多倍化、雜交系和繁育行為，確定物種間及種下居群的親緣關系。
4、化學分類學
研究植物體的化學成分，特別是生物大分子水平的資料，評價植物類別的種系發生關系，建立以化學信息資料為基礎的化學分類系統。
5、數量分類學
通過對已有的植物信息資料，應用計算機進行數量統計分析，客觀的比較各組資料間的關系，重建進化關系並判斷性狀和器官的進化趨向。