故事要從1962年說起，美國國防部和其下屬高級計劃署（DRAPA）秘密成立了壹支特殊部隊，名為“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化戰抵禦美國的壹切威脅以及海外敵對勢力，該部隊壹切行動都屬於絕密。1963年，黑色守望的研究人員發現了壹種病毒，在靈長類動物身上進行的實驗表明，通過DNA的融合，該病毒可以在基因層面上大大提高物種的智力、力量等等身體要素，他們將該病毒命名為DX-1118。隨後，以該病毒為中心的“黑光”（Blacklight）計劃展開。
1964
1964年，黑光計劃正式開始，黑色守望部隊在美國愛達荷州建立了壹座小鎮，名為“希望”（HOPE），並將壹批陣亡士兵的家屬遷居此地。他們謊稱該處是用於模擬核戰之後人類聚居區的實驗場地，而被蒙在鼓裏的軍屬們卻對真正的計劃壹無所知。黑色守望對居民註射了病毒，此時的病毒似乎對感染人群沒有起到絲毫作用。1965年，希望鎮上的第壹名嬰兒出生，其父母身上被註射的病毒在嬰兒體內產生的變異對嬰兒本身似乎也沒有影響。然而壹切的平靜都在1968年8月被打破了，希望鎮突然爆發疾病，黑色守望隨即將全鎮封鎖，將近70%的居民被感染，剩下的人則被隔離在鎮內等死。將近壹年人間地獄般的日子過去，到了1969年7月，除壹人以外，希望鎮上四百多名居民全部死亡。唯壹的生還者名為Elizabeth Greene（伊麗莎白·格林，即遊戲中的緊身衣馬尾女），而她在被發現時已經懷有身孕。 黑色守望的清除行動隨即開始，他們將Elizabeth Greene帶走，並用核彈將整個希望鎮夷為平地。當時負責清除行動的是Peter Randall中尉（彼得·蘭德爾，即遊戲中的獨臂將軍），他在強行帶走Elizabeth Greene的時候被她抓傷了手臂，Randall為制止感染，毫不猶豫自斷左臂（這就是他獨臂的原因），而且他還因為湮滅證據有功而晉升為少校，並在後來成為將軍，成為了黑色守望的最高指揮官（似乎和最後的superme hunter有聯系）。希望鎮事件發生之後，黑光計劃停止，黑色守望部隊的最高宗旨被更改為“探查並消滅美國國土上的壹切未知病毒活動，不論人為或自然原因”。 Elizabeth Greene在次月被轉往位於馬裏蘭州迪崔克堡的黑色守望基地，並在那裏產下壹名男嬰，黑色守望賦予其代號PARIAH（意為“賤民”，網上有人認為是Randall,但絕對不是），並將其從母親身邊帶走（此孩子的命運暫且按下不表）。Greene在隨後幾十年中屬於與外界完全隔離的情況。有證據顯示，她在此期間沒有成長發育，沒有流汗，沒有肌肉抽搐，甚至沒有眨眼，處於完全靜止的狀態，好像在等待著什麽。
1989
時間到了1989年，Raymond McMullen博士（雷蒙德·麥克馬倫即遊戲中用槍自殺的眼鏡男）創立了GENTEC，並成為了黑色守望的下屬研究機構，他認為黑色守望短視，認不清DX-1118病毒的價值，於是重啟黑光計劃，並將Elizabeth Greene轉至GENTEC的研究中心，從她身上研究病毒的新進化品種。並在後來招募了“主角”Alex Mercer，以及後來成為Alex女友的Karen Parker（卡倫·帕克，即遊戲中的金發OL）。之後，黑色守望發現GENTEC重啟了禁忌的實驗，意圖彈壓，此時的Alex Mercer為了將這個對人類危害極大的秘密計劃大白於天下，在Karen Parker的協助下竊取了壹小瓶病毒樣本並逃離，卻在車站遭遇了前來攔截的黑色守望便衣特工。走投無路的Alex Mercer摔碎了瓶子釋放了病毒，自己也被當場射殺。由於是在車站，當時就有許多市民被感染，曼哈頓的大規模疫情暴發也就此埋下了伏筆。 Alex Mercer在車站被射殺的時候就已經身亡，接下來在停屍房醒過來的，大家壹直在遊戲中操控的東西根本不屬於人類，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex屍體之後對其外形及性格的繼承，遊戲標題“原型體”也指的是他。在遊戲的某關，也可以聽到將軍的話：“不！已經不能用'他'來稱呼！應該是'它'！”後來的電話中，也可以看到Alex和他的“合作者”的對話：“啊...妳已經不是人類了，妳是“黑色守望者”的病毒而已。” 至於前文提到Elizabeth Greene等待的東西，即是“原型體”對她的釋放，而Greene的臺詞"I am your mother"並不是指“原型體”是她生下的那個嬰兒，而是指原型體病毒來源於她 遊戲越發展下去，遊戲的內涵也就越明了：人類對於自己犯的錯誤只是掩蓋再掩蓋，實在掩蓋不住了，就不惜代價毀掉。而剛剛出生18天的病毒“Alex”卻知道要保護某些東西：保護自己的“妹妹”，保護人類文明不被毀滅（遊戲最後，曼哈頓就要被軍方用核彈毀滅掉），不在重踏希望鎮的悲劇。這些，不得不佩服劇情的編輯者！