宋初，雲門達到頂峰，湧現出許多出類拔萃的高僧大德。比如第二代，祥林成元、白雲鄉、德山米源、東山守初、巴陵李健等80多人。第三代80余人，如智門光佐、五祖世傑、文殊應真等。第四代有雪竇再現和東山。雲門派在興盛了近三百年後，由於金兵的入侵和宋朝的南渡，日漸衰落。最後雲門派在入駐神井禪師(1171年前，雲門派第十壹代)後消亡。
1943年，100歲的佛教高僧徐上夏雲從南華寺搬到了西雲門，這是第十二代。1951年春，上佛夏媛禪師(當時稱“真空”)來到雲門拜謁老僧徐雲，得到了他的高度重視，被任命為心腹。八月，老徐傳雲門宗法之書，賜其妙名，佛源，乃雲門派第十三代。1953年，佛陀繼任雲門寺方丈。1982年，佛緣老僧在黨和政府以及社會各界的支持下，回到雲門重建雲門寺。2003年，佛陀從雲門寺退休(後來於2009年圓寂)，轉入大和尚。佛的壹生對雲門派的禪法的推廣功不可沒。他的七部佛教啟示錄和破案語錄在佛教界廣為流傳，讀者受益匪淺。他的弟子(雲門派第14代)接近400人，很多都成為了佛教的頂梁柱。