西方軍隊的實際首領石田三成在伊布基山被捕後，立即被田中吉政送往大津，並被迫跪在城門前。東軍將領經此入城，看到三成，大家心中百感交集。對於德川總督來說，30%只是敵人，沒有善惡，也沒有愛恨。對於豐臣氏統治者來說，除了福島正則等獨斷專行的核心人物之外，難免會有壹些孤獨和悲傷的感覺。
康佳在京都下令處決西方軍事領袖，包括石田三成、小西行長(此人也是獨斷專行的眼中釘)、安國寺惠瓊和常淑錚。小西行長和百分之三十壹樣，也在井山被捕，而安國寺惠瓊則在京都被殺。事實上，長島早就剖腹自殺了。以上三人被斬首後，正芳的頭顱也被送了過來，陳列在原六河。
安國寺惠瓊原本是安邑守衛者武田真治的兒子，武田家族滅亡後被迫出家。據說這位僧人與梅日輝的父親龍淵交好，因此得到了惠遠的信任，成為了壹名外交僧人。惠瓊雖然壹手促成了西軍的調兵遣將，但在毛利家族中也不是不折不扣的權臣，最多只是個聯絡員。砍下他的頭實際上只是為了威懾毛利人。可憐的慧瓊成了梅裏特魯莫托的替罪羊。
據說，石田三成在被處決前，因為口渴，想喝壹口米湯。押解他的兵士，壹時不能準備，就摘了幾個柿子給他，但三成說:“柿子是痰之毒。”搖搖頭拒絕了。士卒嘲笑他:“我快要看到我的頭掉在地上了。妳還這麽講究養生？”30%的人回答:“有野心的人即使下壹刻腦袋落地也要關註自己的生活。”
這句話成了名言，無果的柿子花成了日後“壯誌未酬”的代名詞。關元和鎮本來就是壹場爭權奪利的戰爭，但因為三成這個人物，後人往往在西涼軍身上塗上濃重的“義”的色彩。即使在德川統治的江戶幕府時期，也有很多人為三成說好話，說他大公無私，但性格嫉妒心強，水又幹凈，導致了最後的失敗。
作為關元西線的將軍，這個年輕人的命運也是相當悲慘的。戰敗後四處流浪，壹度向妻子的娘家前田家求助。但前田因政治上傾向西軍，長期不到關原戰場，被德川家康責怪，不願互相保護，慫恿書生逃往薩摩。然而，面對德川有罪的老師咄咄逼人的殺戮，島津惟信齋不得不帶著這位躲藏了壹段時間的學者前往和君九能山。最後的決定是饒了秀嘉壹命，剝奪他的領地，把他流放到江戶以南壹個叫八丈的小島上。“五老”之壹的俞希在八丈島上度過了余生，但他的年紀仍然很大，享年84歲。
關元和政決定了天下大局，德川家康立即著手重新分封諸侯。首先是對西涼軍將領的懲罰。余希鐸、長宗我部盛親、安國寺惠瓊、前田李政等人的領地被沒收。西涼軍的將軍Mō ri Terumoto的疆域就不用說了，從121萬萬石減少到可憐的3.7億萬石，而上杉景勝轉讓了羽米澤，疆域從120萬萬石減少到3億萬石。還有壹個佐佐木奕譞，他沒收了常陸米托5400萬萬石的領土，把羽久保田轉讓給了2億萬石。但是島津的版圖基本保持不變，這是壹個異常。大概康佳學到了薩摩亞戰士的英勇頑強，不敢把他們逼得太緊。
被沒收的武將領地中，烏基塔57萬萬石，昌宗22萬萬石，前田21萬石，其他將領包括青木壹矩、宮內大臣Xi、毛利秀保、余丹中長等共31人，共計近350萬萬石(余丹中長、立花宗茂等6人後來得到法外恩惠，各贈予數萬萬石土地養老)！就連臨陣脫逃的武將也沒有好下場。赤座直保和小川奈那鐘繇的領土被沒收，吉川弘的家庭被轉移，領土從140萬石減少到30萬石。此外還割了毛利等二百多萬石，這近六百萬石作為對東軍有功大臣的賞賜。
東軍將領和小早川秀秋等知情者獲得獎勵，其中結城秀康(增加57萬)、松平忠德(增加42萬)、普勝秀吉(增加38萬)、池田輝政(增加37萬)、加藤清正(增加34萬)、黑田常征(增加34萬)、植美秀(增加33萬)前田也增加了34萬領地
事實上，支出高於收入，但康佳以陳封執政領袖的頭銜，放棄了陳封直屬的許多領土，利用這個機會大大削弱了陳封家族的實力。由於其子德川秀吉及其部下未能及時趕到關原戰場，豐臣氏擅自派名奪取主力功勞，康佳被迫給了他們壹大片土地。然而，對於他自己的直屬大臣來說，除了松平忠德和結城秀康等少數人之外，他們基本上沒有得到多少好處。雖然康佳對此事大為惱火，但他還是想盡辦法，以獎勵良田的名義，把那些任意任命的人名都趕到邊遠地區去。比如池田輝政本來在三河吉田，被趕去播喜吉路。再比如，福島正則也被從尾張慶洲趕到安義廣島，細川忠樹被從丹後田邊趕到豐臣中津，等等。
原來的分封制格局有利於豐臣氏家族，即以大阪和福建為中心，大部分親信的名字被安排在晉江、錢月、張偉、三河等周邊地區。新的分封制格局對德川家有利，即以江戶市為中心，康佳在關東地區和東海道三等家鄉種下了許多“親戚”和“家譜”，把福島正則等“洋樣”驅趕到了很遠的地方。可以說，日本的整體格局是通過關元之戰，更重要的是通過戰後貿易的巨變和封國的大動而改變的，歷史從桃山時代進入江戶幕府時代。