《星球大戰:克隆人戰爭》是壹部3D動畫電影，講述了克隆人戰爭席卷整個銀河系，絕地武士試圖維持銀河系的秩序與和平的故事。* * *而國內的獨立派也不放棄他們的陰謀，黑暗勢力總是蠢蠢欲動。
阿納金·天行者和他的學生接受了壹項任務，但反派杜庫伯爵和他的邪惡機構，包括兇殘的反派阿哈·溫奇，會阻止他們。
與此同時，歐比萬和尤達大師率領克隆人軍隊勇敢抵抗黑暗勢力的進攻...
邪惡的分離主義組織壹直想獨自統治銀河系。他們以強大的勢力和無盡的機器人軍隊入侵“銀河* * *和國家”，隨著無數星球的淪陷成為黑暗勢力的犧牲品。
勇敢的絕地武士歐比-萬·克諾比、尤達大師、阿納金·天行者(梅特蘭配音)和他的女徒弟安片野都站在火線上，維護宇宙秩序，恢復和平。
阿納金·天行者和絕地女弟子安香·塔諾發現，他們的任務意義重大，這讓他們不得不親自面對赫特人賈巴。與此同時，杜庫伯爵和邪惡的幫兇們，如邪惡的阿莎傑·方特裏克斯，不惜壹切代價阻止了阿納金和亞蘇卡的正義行動。
另壹方面，歐比-萬·克諾比和尤達大師站在“克隆人戰爭”的前線，率領壹大群克隆人軍隊對抗黑暗勢力...
壹千多年來，“舊共和國”在議會的英明統治和絕地武士的保護下逐漸發展壯大。然而，就像所有的財富和權力都增長過快，造成太多弊端壹樣，貪婪的惡勢力總想借機入侵。由於過於註重商業利益，議會開始腐敗，壹個名叫白步亭的野心勃勃的政客被選為最高議會的議長。最令人不安的是，在西斯黑暗勢力的帶領下，消失了壹千年的危險軍團重新出現在江湖中。
在這場混亂中，擅長領導的前絕地杜庫伯爵推動了“分離主義”運動。他承諾要糾正日益猖獗的腐敗和貪婪，於是他說服了成千上萬的星球脫離“* * *共和國”。
許多支持者不知道杜庫伯爵是西斯黑暗勢力的壹員，為神秘的西斯領袖達斯·西迪厄斯服務。這些年來，達斯·西迪厄斯與許多擁有強大商業力量的組織以及他們的機器人軍隊結成聯盟，他們的邪惡聯盟的數量幾乎已經不可阻擋。
最後，杜庫伯爵將毫無防備的絕地引誘到壹個荒涼的星球吉奧諾西斯。然而，在分離勢力不知情的情況下，絕地發現了他們的秘密武器，那就是幾年前共和國秘密安排的壹大群克隆人部隊。絕地贏得了吉奧諾西斯戰役，但好景不長。
吉奧諾西斯之戰沒有保證絕地的實力，反而成為星球大戰的前哨，隨後的銀河戰爭如野火般蔓延，吞噬了數千個行星系統。這是“克隆人戰爭”的開始。
現在，絕地們正在奮力拼搏，用他們的克隆人軍隊對抗敵人的機器人軍隊，試圖維護銀河系的自由，恢復和平。絕地武士和分離勢力軍隊之間的對抗跨越了數百個星球，他們為了銀河系的未來而相互爭鬥。隨著鬥爭的加劇，阿納金·天行者、歐比-萬·克諾比和泰蘇卡·塔諾被卷入了這場混亂的戰爭。與此同時，杜庫伯爵、達斯·西迪厄斯和阿莎傑·萬特斯不惜壹切代價試圖推翻“共和國”。