石井四郎於1892年6月25日出生於千葉縣吳山縣千代田村大理。石井四郎家是當地的大地主，他是石井家的第四個兒子。
據說石井四郎在當地私立學校讀書的時候，曾經壹個晚上就背下了整本教材，腦子好得讓老師們大為驚訝。
石井四郎從千葉初中畢業後，從石川縣金澤市順利進入日本京都帝國大學醫學部。
石井四郎從小就對日本日蓮宗和北京派所謂的“王佛何明”概念著迷。在第壹次世界大戰中，他對歐洲列強的毒氣戰表現出濃厚的興趣。據其晚輩供述，石井仰慕德國“鐵血宰相”俾斯麥，或者說他是壹個對科學極其感興趣的日本民族主義者。也許這是他對職業的選擇。
石井四郎大學畢業後，作為幹部預備隊加入日軍，後進入京都帝國大學研究生院擔任陸軍訓練。研究生畢業後，他開始在職業軍人的道路上突飛猛進。
作為中世紀席卷歐洲的“黑死病”的罪魁禍首，鼠疫桿菌讓人臉色蒼白。按照事先約定，包括納粹德國在內的所有歐洲國家都將鼠疫桿菌排除在細菌戰武器之外。可想而知有多可怕，但石井四郎卻對鼠疫桿菌著了迷，就像壹個狂熱分子。
1931年秋，石井四郎結束對歐洲各國的“間諜訪問”回到日本。9個月前，日本關東軍策劃了“柳條湖事件”。
回國後，石井四郎向日本陸軍部匯報了歐洲之行的結果，並向上級建議日本立即開始將細菌轉移到武器上的研究。歐洲列強，尤其是納粹德國，已經開始了細菌武器的嘗試。“日本如果不馬上開始基礎研究，就趕不上馬車了。”
據信，從那時起，石井四郎開始研究細菌的毒性，並成為日本陸軍醫學院防疫實驗室的負責人。
“作為軍醫學校的教員，石井四郎曾使用助手進行活體實驗。其中有幾個曾經是石井四郎的助手，從事細菌研究的人都死於感染...在眾多急性傳染病中，石井四郎最關註的是鼠疫。目前還不清楚這些助手死於何種細菌，但最大的可能是鼠疫，”原陸軍防疫研究所相關人員回憶道。
石井四郎如此鐘情於歐洲列強不願研究的“瘟疫”是有原因的。14世紀中葉，“黑死病”(即瘟疫)在歐洲大陸蔓延，席卷西班牙、希臘、意大利、整個巴爾幹半島，南至英法德，北至荷蘭、丹麥、挪威、瑞典，東至俄羅斯部分地區的歐洲大部分地區。當時歐洲大陸大約有壹億人，其中有近四分之壹的人死於瘟疫，可見其可怕和兇猛。
正因為如此，石井四郎將鼠疫桿菌視為“日本應該獨自研究的最佳細菌武器”。
1933年，日本關東軍在哈爾濱設立了細菌戰秘密研究所，這就是後來的關東軍防疫給水總部，又稱石井軍。這支部隊在石井四郎手中迅速擴張。他們利用被俘的中國人、蘇聯人和朝鮮人進行各種活體解剖和細菌試驗，試圖制造壹種強大的細菌武器。後來在1941，這個單位改成了暗號“滿洲731”。
1942年7月，石井四郎被解除731軍軍長職務，隨後被調往南京指揮日軍侵華戰爭中臭名昭著的“浙贛戰爭”，即大規模細菌戰。
隨著納粹德國的無條件投降，反法西斯盟軍贏得了歐洲戰場的最後勝利。此時，只有日本法西斯還在亞洲戰場上浴血奮戰，奄奄壹息。
1945年3月，再次擔任731部隊司令的石井四郎將所屬部隊更名為25202，並下達了“增產指令”。他說，“日本和蘇聯開戰勢在必行...從今天起，集中部隊的所有力量，出其不意地增加細菌、跳蚤和老鼠的產量。”
此時，731部隊已成功研發出鼠疫桿菌幹燥保存技術，甚至創造出壹種毒性比普通鼠疫桿菌高60倍的變性細菌。鼠疫桿菌的霧化技術也取得了突破，培育出了大量生存能力強的小白鼠和壹種吸血能力強的跳蚤。
731部隊在戰爭結束前已經生產和儲存了相當數量的各種細菌。“如果細菌武器以理想的方式擴散，估計地球上的人類都會滅亡。”(731軍原研究員的自白)
與此同時，關東軍司令部也向731部隊下達了增產“300萬只老鼠”和“1億只跳蚤”的命令。“然而，1億只跳蚤活蹦亂跳，身上爬滿了鼠疫桿菌，這是壹件非常可怕的事情...把這些跳蚤放到蘇聯軍隊和蘇聯城市裏...會造成什麽嚴重後果……”(原731部隊回憶)
幸運的是，在731部隊完成細菌、鼠疫、跳蚤的增產任務，準備投放細菌武器之前，蘇聯宣布對日作戰開始。
8月9日淩晨，1945，15萬蘇聯紅軍兵分三路，向盤踞在中國東北和朝鮮半島的日本關東軍發起了全面進攻。日軍全軍覆沒，整個關東軍壹片混亂。
蘇聯紅軍發起猛烈攻勢，迅速逼近哈爾濱。8月10，731部隊接到上級“迅速撤退”的命令。如果研究基地落入蘇軍手中，731部隊的罪惡行徑將徹底暴露，其所有人員將被追究戰犯責任。
石井四郎接到命令後，立即下令將所有被扣押的“丸太”殺死並消音；731部隊的各種研究實驗資料和菌種運回日本，先撤離部隊成員，命令工程部隊迅速爆破研究設施，銷毀證據。
731部隊成員在逃回日本時，接到上級的封令。“(壹)回到家鄉後，還應當隱瞞曾經參加過731部隊的事實和經歷；(二)不擔任任何公職；(三)嚴禁軍人之間相互接觸。”
後來遠東國際軍事法庭開庭，蘇聯要求審訊並嚴懲731部隊的石井四郎等人。石井四郎得到消息後，立即奉承盟軍總司令部，將自己帶回中國的731部隊的研究資料提供給美國，以逃避審判。
美國收到石井四郎提供的情報後欣喜若狂，竟然悄悄釋放了關押在中國上海俘虜收容所的北野正治(1942至1945任731部隊指揮官)。而且在盟軍總司令部審問石井四郎之前，給了他與北野誠司勾結的機會。結果，盟軍總司令部的審問只是流於形式。最終美國將石井四郎等人下落不明的結論告知蘇聯，731部隊不足以成為戰犯。結果這支妖軍打了壹場世界歷史上前所未有的細菌戰，殺了無數人，犯了無數罪，逃了出來。
石井四郎還從美軍那裏得到了東京四國地區與前海軍有關的宿舍，並將其改造成美軍士兵的慰安所(妓院)。壹邊做著討好美軍的邪惡活動(“戰後日本對美國占領軍采取的性外交”)，壹邊整理著自己帶回日本的731部隊的資料。
石井四郎於1959年10月9日在東京逝世，享年67歲。
731部隊逃跑，戰爭結束後，次年，1946年6月底至9月底，哈爾濱方平鎮附近爆發了壹場嚴重的鼠疫，造成103村民死亡，這次鼠疫流行是由731部隊逃跑的老鼠和跳蚤引起的。
因為日本軍隊中最高軍銜的軍醫只有中將，石井四郎不能晉升為將軍。這個血腥的劊子手，熱愛“瘟疫”，本質上是壹個沒有人性的瘋子。如果他做好了細菌戰的準備，那肯定會造成無法估量的恐怖後果。與能毀滅全人類的“細菌武器”相比，當時的原子彈只能算是“小弟”。
這個罪孽深重的“瘟疫中將”應該算是侵華日軍中最瘋狂最可怕的將軍了。