赫拉克利特的理論是以畢達哥拉斯的理論為基礎的。他借用畢達哥拉斯的“和諧”概念，認為對立和沖突的背後有壹定程度的和諧，但協調本身並不引人註意。他認為沖突讓世界充滿生機。他的主要觀點是:
1.永恒的生命之火
“這個有序的宇宙(Cosmos)對壹切都是壹樣的。它既不是上帝創造的，也不是人類創造的。它過去是，現在是，將來也永遠是壹個永恒的活火，按照壹定的規模燃燒，按照壹定的規模熄滅。”
赫拉克利特主張火和萬物可以相互轉化，但沒有解釋這種轉化是如何進行的。這反映了他哲學上的晦澀和神秘主義。他認為火的燃燒有壹定的尺度和邏各斯思想。
理由:火是所有元素中最精致的，它最接近沒有形態的東西；更重要的是，火不僅會動，還會讓其他東西動。
赫拉克利特認為，萬物的起源是火，宇宙是永恒的活火。他的基本出發點是，這個有序的宇宙不是上帝或人類創造的。宇宙本身就是它自己的創造者，宇宙的秩序是由它自己的邏各斯規定的。這是赫拉克利特理論的精髓，是對米利都學派樸素唯物主義的繼承和深入發展。
2.萬物流動
赫拉克利特有句名言“人不能兩次走進同壹條河”。這句名言的意思是，河裏的水是不斷流動的。這次妳踏進河裏，水就流走了。下次踏進河裏，新的水就流了。河水壹直在流，所以妳不能踏入同壹條河。顯然這句名言是有其特定含義的，不是這條河和那條河的區別。赫拉克利特主張“萬物運動”、“萬物流動”，這使他成為當時具有樸素辯證思想的“流動派”的傑出代表。
赫拉克利特的名言表明，客觀事物永遠是運動的。這樣壹個正在變化發展的真理。恩格斯曾評論說:“這種原始的、簡單的但本質上正確的世界觀，就是古希臘哲學的世界觀，而且是由赫拉克利特第壹次明確表達出來的:壹切都存在，但又不存在，因為壹切都是流動的，不斷變化的，不斷產生和消失的。”赫拉克利特也認為壹切事物都是相互轉化的。冷變熱，熱變冷，濕變幹，幹變濕。他還明確斷言:“我們不是順著同壹條河走下去的。我們存在，也不存在。”
3.邏各斯聖語
赫拉克利特認為，壹切事物都永遠在變化，而且這種變化是按照壹定的尺度和規律進行的。這是他的邏各斯理論，也是他的辯證思想的第二個方面。
萬物的運動，無論是火的燃燒和熄滅，還是萬物的生成和相互轉化，都是按照壹定的邏各斯進行的；這種邏各斯主要是壹種尺度、大小和度量，即數量上的比例關系。當然，這個尺度也是壹個規律，但與通常的壹般規律有壹點不同，即尺度只是以量為主的壹定比例和關系，而壹般規律不僅可以用量來表示，還可以用其他方面來表示。從抽象的意義上說，普遍規律高於尺度。人們認識的發展是從具體到壹般的。首先，我們從具體的事物中發現更普遍的事物，然後我們深入到更普遍的事物中。所以發現尺度是發現壹般規律的第壹步，進壹步了解尺度才能知道壹般規律。赫拉克利特提出的邏各斯正處於人類認知發展的這壹階段——認知尺度和比例。
4.對立統壹
原始的統壹是不斷運動和變化的，從不停止。它的創造就是毀滅，毀滅就是創造。當壹種東西變成另壹種東西，比如火變成水，火就消失成壹種新的存在形式。這樣壹切都變成了它的對立面，所以壹切都是對立統壹的。沒有壹樣東西具有相同的性質，也沒有壹樣東西具有永恒的性質。從這個意義上來說，壹切存在與不存在。有了這種對立，才有世界。例如，音樂中的和聲來自於高低音調的組合。
這個世界被鬥爭所主宰。赫拉克利特說過，“戰爭是壹切之父，也是壹切之王”。如果沒有鬥爭和反對，世界就會死亡——停滯或毀滅。只有對立和矛盾統壹起來，才能產生和諧。“生與死，夢與醒，年輕與年老，都是壹回事。後者變了就成了前者，前者回來就叫後者。”
赫拉克利特思想與畢達哥拉斯學派的關系
畢達哥拉斯學派認為，萬物的本源是數，它們的存在和變化是建立在某些數的比例基礎上的，整個宇宙是由某些數組成的有序宇宙。赫拉克利特用壹個簡單的“邏各斯”概念完美地表達了畢達哥拉斯學派。在這壹點上，赫拉克利特和畢達哥拉斯的思想基本上是壹致的。我們可以說，在公元前6-5世紀期間，以畢達哥拉斯學派和赫拉克利特學派為代表的希臘哲學已經比米利都學派前進了壹步，即他們已經不滿足於尋求萬物的本源，而開始尋求隱藏在現象背後的具有規律性的東西。他們開始發現數量上的比例關系，即邏各斯。這在當時是哲學的重大發展，也是他們對哲學發展的重要貢獻之壹。