在安全模式“暗室”中，德斯蒙德遇到了第十六個實驗體的意識，被告知必須輸入他的兩個刺客祖先阿塔爾·伊本·拉哈德和埃齊奧·奧迪托雷·達·費倫澤的未讀記憶，這樣阿尼姆斯2.0就可以將三個人的記憶分開，重新組織他們的意識醒來。
在黑暗的房間裏，德斯蒙德不僅探索了他的記憶，還回憶了他的過去:他從小就在森林裏被訓練成壹名刺客，但在他渴望自由的16歲時逃離了。搭便車到達紐約後，他做過調酒師，最後被跨國制藥公司asir go發現，被迫成為Animus實驗體。從此，他後悔沒有重視刺客的訓練，承認自己是刺客。
1511 3月，52歲的伊喬前往300多年前刺客組織的基地敘利亞城市馬薩夫，發現用作刺客基地的堡壘已經被他的宿敵聖殿騎士占領，並得知阿圖爾在堡壘下的壹個密室裏藏了壹件遺物，可以永遠結束刺客與聖殿騎士之間的戰爭。
能解開這壹遺跡的封印中有四枚藏在奧斯曼帝國的君士坦丁堡城(最後壹枚封印已被聖殿騎士在當地宮殿的地下獲得)。在意大利藏書家索菲亞·薩托和奧斯曼王子蘇萊曼的幫助下，伊喬日後逐壹得到了剩下的四枚印章，而君士坦丁堡則因為另外兩個王子艾哈邁德和塞利姆爭奪王位而陷入混亂。
另壹方面，蘇萊曼懷疑這與聖殿騎士團有關。伊格吉奧經過調查得知，聖殿騎士想在當地建立壹支軍隊，推翻奧斯曼政權，重建拜占庭帝國。但直到相關聖殿騎士被暗殺，最後壹枚封印被取走後，他才意識到艾哈邁德是幕後黑手，為的是收集所有封印進入刺客保衛基地的地下密室。
除了鑰匙之外，封印中還有阿特勒的生活記憶:在刺殺了真實身份為聖殿騎士的刺客組織頭目拉希德·西南後，阿特勒獲得了伊甸園的碎片，成為刺客組織的首腦，但壹名刺客阿巴斯因為過去的芥蒂而對他懷恨在心，並利用阿特勒與家人壹起離開馬薩夫抵抗蒙古入侵的十年時間發動叛亂，控制了刺客組織，殺死了阿特勒的次子。
阿圖爾在試圖向伊甸碎片復仇時被妻子阻止，導致她被另壹名刺客殺害，阿圖爾被迫帶著長子逃亡。20年後，阿泰爾回到馬西夫，暗殺了阿巴斯，成為刺客組織的頭目，並再次復活。多年後，他將回憶錄印在各種印章上，交給了意大利探險家尼科洛·波洛。
哈馬德後來劫持索菲婭為人質，強迫伊喬交出所有印章。伊喬立即追趕艾哈邁德，救出索菲婭後奪回了海豹。不久後，塞利姆率兵殺死了艾哈邁德，但命令伊喬永遠離開君士坦丁堡。這時候暗室自動刪除了過多的數據，德斯蒙德以第十六實驗體為代價逃脫了被根除的命運。
伊吉歐帶著索菲亞回到了刺客要塞，並成功打開了阿泰爾的密室。密室圖書館裏只有阿切爾的骨架和第六封印:阿切爾把它鎖在這個密室裏是為了保護伊甸園的碎片。在決定留下碎片後，Igio宣布他的戰鬥結束了，並希望Desmond能夠為他和Artell找到他們壹生都在試圖找到的所有問題的答案。
這時，第壹文明成員朱庇特出現了，說他們想出了六種拯救地球的方法，並在那壹年建造了多個地下密室，防止地球被毀滅，所有的數據都傳送到壹個中央密室。但木星等人沒能阻止自己的文明被耀斑毀滅，反而說德斯蒙德有能力阻止地球再次被耀斑毀滅，並透露了中央密室的位置。德斯蒙德醒來後告訴所有人，他清楚地知道需要做些什麽來拯救人類的生命。(劇終)
擴展數據:
角色介紹—
1，克萊卡什馬雷克
克雷·卡什馬雷克綁架了克雷以獲取他的基因記憶。在維迪奇的嚴格監督下，克萊長期使用阿尼姆斯(很多天，好幾天不出來)，導致了壹種叫做“出血效應”的情況。通過出血效應，克萊開始在阿尼姆斯之外探索自己的基因記憶，最終導致精神錯亂和自殺。
克萊曾探索過埃齊奧的記憶，但在他發現金庫之前，他在墻上和地上留下壹本血書後就瘋了，死了，所以聖殿騎士不知道金庫的確切地址。
2.戴斯蒙德·邁爾斯
德斯蒙德的祖先是忠於阿薩辛的刺客。起初，他被迫使用“聖殿騎士”的當代組織asir go制造的名為“Animus”的機器，追溯他的祖先之壹、生活在十字軍時代的Artell的記憶，以尋找名為“蘋果”的伊甸園碎片。
後來，在當代刺客組織成員露西·斯蒂爾曼(lucy stillman)的幫助下，德斯蒙德逃出了埃舍爾戈公司，前往刺客的藏身之處。他再次使用了升級版的Animus2.0，通過跟隨他的第二個祖先埃齊奧·奧迪托雷·達費倫澤的記憶和出血效果進行訓練，並很快學會了刺客的動作模式，從而在技能上成為了名副其實的刺客。
3.阿泰爾·伊本·拉·阿查德
阿圖爾是阿薩辛的壹名刺客，也是生活在第三次十字軍時代的刺客組織的前領導人。他是戴斯蒙德·邁爾斯的祖先。
阿圖爾從小就被訓練成壹名刺客。25歲時被授予刺客大師稱號。然而，在1191中，他從羅伯特·德·賽布爾手中奪取“伊甸園蘋果”的任務失敗，導致羅伯特帶領聖殿騎士進攻刺客組織的總部Masyaf。因此，他被降職為新手，並被給予壹系列任務來贖回他的階級。
他的任務是在聖地消滅壹支由九名聖殿騎士組成的隊伍——他起初並不知道這件事。在長達壹年的任務過程中，阿泰爾逐漸轉變作風，將王國從九族的腐敗統治中解放出來。但隨著任務的進行，阿圖爾發現了比這壹切更令人擔憂和險惡的陰謀。