Nexus奧特曼的故事發生在不久的將來。我們人類所熟知的世界似乎並沒有太大的變化，但最近世界各地都有“怪獸”作亂的報道。為了秘密解決這個問題，壹個世界性的防禦組織TLT成立了。他的日本分公司叫做TLT-J
TLT J的下屬組織是NR(夜襲者)。他們的任務是秘密消滅外來動物。新的敵獸突然以令人印象深刻的戰績出現在夜襲隊面前，他們陷入了苦戰。這時，光之巨人尼科斯·奧特曼出現了。耐克奧特曼的《全能者》出現了。
Nexters利用phase的褶皺打造了自己的戰鬥空間“塔之領域”。在他變得巨大之後，他把動物們拉到這個空間裏來打架。而且，TLT的專機也可以組合後進入這個空間與Nexus作戰。？
TLT的新成員孤門壹輝正與若卡船長和其他成員壹起處理繁忙的任務。但自從遇到紀雅準後，他對自己的任務和周圍的環境產生了懷疑。
組織中隱藏著什麽樣的秘密，玩家的過去是怎樣的，Nexus和動物們的原型是什麽？古門和紀雅準建立了深厚的友誼，開始壹步步解開謎團。