玉米育種存在的問題是:
1，我國玉米產業與國外相比有壹定差距。
我國玉米產業發展迅速，產量和消費量均居世界前列，但與國外相比仍有壹定差距。造成這個問題的原因除了種植環境的適宜性不同，還有機械種植和土地肥力的問題。
2.科技創新能力不高，技術應用水平低。
但新開發的玉米新自交系產品缺乏有效推廣，大部分地區仍使用雜交系列玉米種子，主要是玉米種植原料創新性較低，不同地區自然環境不同，導致玉米新自交系產品在不同地區適應性不同，得不到有效效益。可見，我國玉米育種產業還有很大的提升空間，需要從轉基因、回交、自交等多個方向進行研究。此外，部分玉米企業存在技術差距大、操作失誤等諸多亟待解決的問題。
3.育種針對性不夠，種子資源少。
光照、自然環境等方面都會對玉米育種產生影響。平原地區和海拔較高地區的自然要求不同，應根據適宜的地理條件培育適應性強的玉米種子。但現在，盡管我國不斷研發玉米種子，但仍有許多玉米品種適應性差，不能有效推廣，不能適應個別地區的自然環境，甚至有的容易發生病蟲害，使產量大大降低。
當今許多地區仍以傳統的玉米育種技術為主要育種手段，制約了我國玉米優良自交系和新品種的培育，而且我國育種專家以自身的育種經驗為主要育種依據，穩定性差。我國非常依賴國外的種質資源和技術，這不利於我國玉米育種的發展。在這種情況下，加強自主種質創新和技術研發，構建新的育種材料，加強種質擴增、改良和創新成為我國玉米育種的發展方向。