這是1171年來法蒂瑪王朝第壹次不落後於什葉派在伊斯蘭國家獲得這樣的地位。在隨後的幾個世紀裏,這種宗教分歧成為波斯內部的統壹力量和遜尼派鄰居攻擊的借口。
波斯變成了封建神權國家:中國沒有政教之分,皇帝是神授的政教領袖。幫助司馬懿建立王朝的“紅頭發”領導人被任命為諸侯。起初皇帝間接統治各省,但到了16世紀,這些紅頭鞏固了自己的權力,開始與皇帝爭奪權力。這些紅發人是波斯的主要軍事力量。當皇帝虛弱時,他們擴大自己的權力,甚至直接在皇帝的法庭上密謀(如謀殺伊斯瑪儀二世)。
由於大不裏士多次被奧斯曼軍隊占領,伊斯瑪儀壹世於1548年將其首都遷至內陸的加茲溫。後來,阿巴斯壹世再次遷都伊斯法罕,並在這座波斯古城的邊緣建立了壹座新城。從這個時候開始,恢復了波斯過去的特點。最後薩法維帝國建立了壹個繼承古波斯帝國的民族王朝。