細菌和真菌孢子都很容易漂浮，它們存在於平流層中。
由於空氣中缺乏營養和適當的溫度，細菌無法繁殖，經常被陽光和幹燥摧毀。只有抵抗力強的細菌和真菌或細菌孢子才能長期存活。室外空氣中常見芽孢桿菌、產色素細菌和真菌孢子；室內空氣中的微生物比室外空氣中的多，尤其是人口密集的公共場所、醫院病房、診所等場所，容易受到攜帶者和患者的汙染。如飛沫、皮屑、痰液、膿汗、糞便等攜帶大量微生物，可嚴重汙染空氣。壹些醫療操作也會造成空氣汙染，如高速牙鉆修復或超聲波清洗牙結石，會產生微生物氣溶膠；穿衣、鋪床時，織物表面的微生物飛散到空氣中，打掃衛生、人走動的粉塵飛揚場也是醫院空氣中微生物的來源。室內空氣中常見的病原體有腦膜炎奈瑟菌、結核桿菌、溶血性球菌、白喉桿菌、百日咳桿菌。空氣中微生物汙染程度與醫院感染率有壹定關系。溶血性鏈球菌A有時作為空氣細菌衛生檢驗中的指示菌，指示人體上呼吸道分泌物中微生物對空氣的汙染程度。