2003年,作為中國抗擊非典型肺炎的領軍人物,在非典(中國大陸俗稱“非典型肺炎”)肆虐的非常時期,鐘南山不僅始終在醫療救治的第壹線挽救生命,還積極前往各疫區指導醫療工作,倡導與國際衛生組織密切合作。因成績突出,榮獲全國“五壹”勞動獎章,被廣州市授予“抗非”。
1981年回國。歷任廣州醫學院院長、廣州呼吸疾病研究所所長、呼吸內科博士生導師、中華醫學會總理、中華醫學會呼吸學會副主任委員。受聘為國際胸科學會特別會員、國際胸科學會亞太分會理事、聯合國世界衛生組織醫學顧問、劍橋國際學會會員,並作為中國唯壹代表參與制定《全球哮喘防治戰略》。
現任中華醫學會會長、廣州呼吸疾病研究所所長、廣州醫學院院長、廣州市科協主席、廣東省科協副主席。主要從事高氧/缺氧與肺循環關系的研究。首批國家有突出貢獻專家,先後擔任中華醫學會呼吸學分會主任委員、聯合國世界衛生組織吸煙與健康醫學顧問、國際胸科學會特別委員、亞太執委會主任等職務。是近十年來將我國呼吸系統疾病的科研和臨床治療推向世界前列的傑出領導人之壹。
鐘南山主持多項國家自然基金項目、國家重點項目、衛生部和省科委重點項目,13成果獲衛生部、國家教委、廣東省科委、廣州市科委獎勵。其中GD微型最大呼氣流速儀獲1980廣東省科技進步三等獎;轉基因因子研究獲廣州市科技成果壹等獎1982;哮喘和氣道高反應性獲衛生部重大科技成果三等獎1994。他拿出廣州市科技進步金鼎獎的壹半(5萬元),用來獎勵在科研上做出成績的年輕人。