斯科菲爾德，賽法和賽爾夫分在壹組。賽法在執行任務時違抗命令並拋棄了他的隊伍。負責指揮的瑟菲在任務中必須陪伴斯科菲爾德和賽爾夫。任務結束後，SeeD在Gal badia阻止了先遣部隊；Scholl，Searle，Cerfi作為種子畢業，Safa因為違紀未能畢業。在舞會上，紹爾遇到了萊諾亞，他看上去與他的個性完全相反。
在塞爾和紹爾接受命令，幫助被加爾巴迪亞占領的廷波的利諾婭抵抗組織後，紹爾得知加爾巴迪亞最近的戰爭是由壹個名叫埃迪亞的女巫引起的。在Gal的baram和badia學院的聯合命令下，Scholl和他的夥伴——包括新加入的Lenoya、Quater和溫雅——試圖暗殺Idia。然而女巫挫敗了這個計劃，團隊被關進了監獄。在計劃中，紹爾壹行知道賽法已經離開學院，成為伊迪婭的副手。
隊伍逃跑後，伊迪婭發射導彈，轟炸特拉比亞學院。擔心Idia項目的下壹個目標是baram學院，團隊分頭行動。Scholl的團隊回到baram發出警告，但他們必須首先阻止種子投資者Nogu煽動的學院內鬥。Cerfi 1去導彈基地阻止發射，但沒有成功。Scholl不小心觸發了baram學院的“移動堡壘”形態，讓學院避開了導彈；
但是因為控制不了學院，就撞上了漁人視界的碼頭。當當地的技術人員修好學院後，加爾巴迪亞軍開始尋找壹個叫艾洛尼的女孩，她知道她最近在巴蘭學院。埃洛尼最後逃到了世界超級科技強國阿斯塔。當Scholl遇到Eloni時，他知道是她把他和他的夥伴“傳送”到了17年前，她徒勞地試圖改變現狀。
通過考爾壹行的“夢”，拉格納和他的兩個夥伴奇洛斯、沃德的故事被多次閃回——拉格納從加爾巴迪亞的壹名士兵到壹個村莊的保護者，再從女巫阿黛爾的抵抗運動領袖到埃斯特拉總統。Scholl由於目前的情況有個人的焦慮，比如他被Sid學院的校長任命為SeeD的新負責人，以及他對Lenoya越來越大的好感。在調查被摧毀的特拉比亞學院時，Scholl和他的夥伴們了解到，他們(除了Lenoya)，Saifa和Eloni都是在Yidia的孤兒院壹起長大的。
他們分開後，因為g.f .的使用逐漸失去了記憶，他們也了解到學院和種子是席德和伊迪婭為了打敗墮落女巫而建造的。得知此事後，Scholl和Saifa分別領導的baram College和Gar badia College展開了爭奪孤兒院的戰爭。在巴拉姆擊敗了加爾·巴迪亞之後，玩家了解到，伊迪婭只是來自未來的強大女巫阿爾迪米西婭不得不使用的壹個工具。
她在找艾洛尼[壓縮時間。伊迪婭在與賽德的決戰中失利，於是阿爾迪米西婭不得不將自己的力量轉移給萊諾亞。埃迪亞恢復了正常，但萊諾亞陷入了昏迷。為了喚醒他，紹爾背著她去找艾絲黛拉，他確信她能幫助萊諾亞康復。在利奧尼亞被送往阿斯塔空間站後，阿爾迪米西婭操縱她將阿黛爾從軌道監獄中解救出來。
阿爾迪米西婭於是命令賽法啟動月亮的潘多拉裝置，壹個像雨壹樣的怪物帶著阿黛爾的封印裝置從月亮落到了星球上。阿爾迪米西婭選擇了阿黛爾作為她的下壹任主持人，並放棄了外太空的雷諾亞。斯卡爾救了她，並乘坐壹艘廢棄的星際飛船返回了星球。登陸後，埃斯特拉的代表因害怕萊諾亞的女巫能力而將其隔離，隨後斯卡爾將她救出。
拉格納總統為此事道歉，並解釋了奧丁博士的計劃——讓阿爾迪米西婭先占領勒諾亞，埃洛尼將勒諾亞(包括阿爾迪米西婭)送到過去，再送回現在，這樣阿爾迪米西婭就能成功啟動時間壓縮，讓紹爾壹行到達阿爾迪米西婭時代。正因如此，紹爾壹行進入了月球潘多拉星球，打敗了賽法和阿黛爾，勒諾亞也因此繼承了阿黛爾的女巫力量。
其次是時間壓縮啟動；紹爾和他的夥伴進入了阿爾迪米西婭時代並打敗了它。打敗阿爾迪米西婭後，世界開始恢復正常；但紹爾幾乎迷失在時間的洪流中。他見證了遊戲故事的開始——當奄奄壹息的阿爾迪米西婭回到過去，把自己的力量送給伊迪婭的時候，斯科爾也告訴了伊迪婭她將要創建的學院和種子的概念。
後來，在萊諾亞的幫助下，紹爾正確地回憶起了自己的記憶，回到了現在。片尾動畫描繪了Scholl回到現在後的事件。不再屬於學院的賽法與搭檔風神、雷神重聚；拉格納拜訪了淩的墓(並回憶起他向她求婚的情景)，同行的還有艾洛尼、沃德和奇洛斯；學院舉辦了壹場慶祝會，肖爾和萊諾亞在月光下親吻。(劇終)
擴展數據:
角色介紹—
考爾·萊昂哈特，1
沈默，有點冷。隸屬於傭兵訓練機構baram Academy，是故事的主角。他可以毫無困難的完成所有的訓練和任務，是壹個優秀的種子候選人。使用難以操縱的槍刃，他有著出眾的戰鬥資質。
雖然他被認為是最有資格的候選人，但由於他冷漠的態度和安靜，冷漠，不合群的性格，他被視為學業有問題的學生之壹。雖然對別人冷漠排斥，但在書院裏還是吸引了很多人的目光。額頭的傷是在和賽法的練習戰中留下的。
2.萊諾阿·哈蒂利
故事的女主角，活潑爽朗，喜歡自由奔放，討厭拘泥的生活。她在任何事情上都很積極。因為她無所畏懼的性格，她很快加入了“森林貓頭鷹”組織，成為了壹個很有話語權的人物。
而她簡單率真的性格讓別人壹眼就看出了她的態度。有任性的壹面，愛和別人爭口氣；另壹方面，她也很重視同伴，也有溫柔的壹面。當我參加巴蘭學院舉辦的舞會時，我遇見了紹爾的命運。
3.酋長之旅
巴蘭學院的活躍種子，紹爾的導師。65，438+00歲進入書院，65，438+05歲獲得種子資格，是通過種子的人中最年輕的，65，438+07歲史無前例的獲得教師資格。因為德才兼備，沈穩完美，甚至有狂熱的崇拜者組成翠浦社，不分男女，深受學生歡迎。
也許是出於嫉妒，壹些老師大聲批評她缺乏經驗和指導。因為他們太優秀了，不習慣被挫折，容易抑郁，甚至說懦弱的話。對Scholl有好感，有時候會忍不住多管閑事。